CeNT
herb

Laboratorium Chemii Biologicznej

W Laboratorium Chemii Biologicznej prowadzone są badania nad syntezą, właściwościami i zastosowaniami modyfikowanych nukleotydów (analogów końca 5’ mRNA – kapu, trifosforanów nukleozydów, nukleotydocukrów, fosfosiarczanów nukleozydów i innych).

Głównym celem naszych badań jest tworzenie narzędzi do poznawania i zgłębiania procesów biologicznych, w które nukleotydy są zaangażowane, jak również poszukiwanie nowych czynników terapeutycznych opartych na strukturze nukleotydów i kwasów nukleinowych. Opracowujemy nowe metody syntezy chemicznej i enzymatycznej nukleotydów i ich analogów. Prowadzimy badania nad syntezą i właściwościami nukleotydów modyfikowanych na różne sposoby w obrębie reszty fosforanowej. Projektujemy analogi nukleotydów, zwiększające stabilność mRNA oraz trwałe w warunkach komórkowych inhibitory biosyntezy białka. Syntetyzujemy nukleotydy znakowane fluorescencyjnie, nukleotydy zawierające znaczniki powinowactwa, nukleotydowe sondy NMR i EPR. Tworzymy i badamy koniugaty nukleotydów z nano(bio)materiałami.

Laboratorium funkcjonuje w dwóch lokalizacjach- zespół korzysta z gościnności Zakładu Biofizyki IFD, Wydziału Fizyki UW.

prof. dr hab. Jacek Jemielity
e-mail: j.jemielity@cent.uw.edu.pl
telefon: +48 22 55 43774
pokój: 06.44

Prof. dr hab. Jacek Jemielity urodził się w 1973 roku w Wysokiem Mazowieckiem. Studia na Wydziale Chemii Uniwersytetu Warszawskiego ukończył w 1997 roku. Stopień doktora uzyskał w 2002 roku na tym samym wydziale, a habilitację w roku 2012. Pracował też w Zakładzie Biofizyki IFD na Wydziale Fizyki UW. Doświadczenie badawcze zdobywał również m.in. we francuskim Institute of Structural Biology i fińskim Uniwersytecie w Turku. Tytuł profesora otrzymał w 2020 r.

Prof. dr hab. Jacek Jemielity specjalizuje się w chemii organicznej, biologicznej i w biochemii. Jest jednym ze światowych liderów badań dotyczących chemicznie modyfikowanego mRNA. Jest kierownikiem Laboratorium Chemii Biologicznej w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego. Wypromował 12 doktorów, 30 magistrantów, 14 licencjatów, jest lub był mentorem dla 17 stażystów podoktorskich. Jest również współzałożycielem i prezesem  ExploRNA Therapeutics – spółki spin-off Uniwersytetu Warszawskiego, w której rozwijane są technologie polegające na modyfikacji tak zwanej czapeczki, znajdującej się na końcu 5’ mRNA.

Realizował granty m.in. Narodowego Centrum Nauki i Fundacji na rzecz Nauki Polskiej (TEAM), Fundacji Billa i Melindy Gates. Jest współautorem ponad 140 publikacji (m.in. w Nature Communications, Nature Chemistry, Nature Chemical Biology, Nature Molecular & Structural Biology, Journal of the American Chemical Society, Angewandte Chemistry Int. Ed., Chemical Science, Nucleic Acids Research, RNA, Organic Letters i in.), które cytowano ponad 3,7 tys. razy, a indeks Hirscha wynosi 34. Jest wynalazcą w 14 patentach bądź zgłoszeniach patentowych (dwa wylicencjonowane przez firmę BioNTech, 4 przez ExploRNA). Jest współtwórcą kilku technologii dotyczących modyfikacji mRNA do celów terapeutycznych, a jeden z jego wynalazków jest stosowany w kilkunastu badaniach klinicznych. Jest członkiem Advisory Board Molecular Therapy Nucleic Acids (Cell Press). Jest również członkiem wielu zespołów eksperckich, ekspertem agencji finansujących badania oraz rad instytutów naukowych. W kadencji 2024-28 został powołany na wiceprzewodniczącego Rady FNP.

Za swoje osiągnięcia był wielokrotnie nagradzany m.in. Nagrodą Naukową „Polityki” dla młodych naukowców, Nagrodą Gospodarczą Prezydenta RP, Nagrodami Rektora Uniwersytetu Warszawskiego, był nominowany do Nagrody Europejskiego Wynalazcy, przyznawanej przez Europejski Urząd Patentowy. W 2021 roku otrzymał Nagrodę Fundacji na rzecz Nauki Polskiej w obszarze nauk chemicznych i o materiałach za opracowanie chemicznych modyfikacji mRNA jako narzędzi do zastosowań terapeutycznych i badań procesów komórkowych.


Tytuł Kierownik projektu Okres Finansowanie
Poczuj chemię, jeśli jesteś wystarczająco blisko – indukowana efektem bliskości ligacja SuFex dla biologii i medycyny mRNA Jacek Jemielity 2024 - 2028 OPUS 25, NCN
Nanocząstki plazmoniczne dekorowane fluorescencyjnie znakowanym mRNA do badania aktywności enzymów zaangażowanych w metabolizm mRNA z wykorzystaniem efektu FRET pojedynczych par Jacek Jemielity 2024 - 2028 OPUS 25, NCN
Poszukiwania skutecznej szczepionki mRNA przeciwko wirusowi TiLV jako innowacyjna metoda kontroli chorób zakaźnych w akwakulturze Jacek Jemielity 2024 - 2028 OPUS 26, NCN
Horyzont doskonałości w zastosowaniach matrycowego RNA w immunoOnkologii Jacek Jemielity 2022 - 2027 WIB, Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii
Transport stabilizowanego, terapeutycznego mRNA upakowanego w cząstkach wirusopochodnych do komórek ssaczych Jacek Jemielity 2020 - 2025 OPUS 17, NCN
Status metylacji końca 5′ mRNA: w kierunku głębszego zrozumienia biologicznej roli oraz identyfikacji syntetycznych mimetyków Jacek Jemielity 2020 - 2023 OPUS 17, NCN
Badania w kierunku zrozumienia losu egzogennie dostarczonego mRNA w komórce Paweł Sikorski 2019 - 2023 SONATA 14, NCN
Nowe selektywne inhibitory białek zależnych od kapu: synteza, dostarczanie i charakteryzacja Jacek Jemielity 2017 - 2022 TEAM, FNP
Synteza analogów trimetylokapu modyfikowanych molekularnymi rotorami oraz ich zastosowanie do badania transportu jądrowego Błażej Wojtczak 2018 - 2022 SONATA 13, NCN
Maszyneria biosyntezy kapu mRNA wirusa SARS-CoV-2 – badania nad aktywnością metylotransferazy białek nsp14 i nsp16 z użyciem wysokoprzepustowej metody fluorescencyjnej Jacek Jemielity 2020 - 2021 Szybka ścieżka Covid-19, NCN
Chemicznie modyfikowane mRNA do badań procesów komórkowych i zastosowań terapeutycznych Jacek Jemielity 2017 - 2020 OPUS 11, NCN
Opracowanie metody HTS w oparciu o fluorescencyjnie znakowane analogi nukleotydów guanozynowych: nowe podejście do badań aktywności oraz poszukiwania inhibitorów RNA guanozyno-N7-metylotransferazy (N7MTaza) Renata Kasprzyk 2017 - 2020 PRELUDIUM 12, NCN
Introducing SuFNucs: Sulfamoyl-Fluoride-Functionalized Nucleosides That Undergo Sulfur Fluoride Exchange Reaction
Mikołaj Chromiński, Kamil Ziemkiewicz, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Org. Lett. 2022, 24, 27, 4977–4981
Chemically Modified Poly(A) Analogs Targeting PABP: Structure Activity Relationship and Translation Inhibitory Properties
Olga Perzanowska, Mirosław Śmietański, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska
Chemistry - A European Journal, Volume28, Issue42 July 26, 2022
Structure of the poxvirus decapping enzyme D9 reveals its mechanism of cap recognition and catalysis
Jessica K. Peters, Ryan W. Tibble, Marcin Warmiński, Jacek Jemielity, John D. Gross
Structure Volume 30, Issue 5, 5 May 2022, Pages 721-732.e4
Fluorinated Phosphoadenosine 5′-Phosphosulfate Analogues for Continuous Sulfotransferase Activity Monitoring and Inhibitor Screening by 19F NMR Spectroscopy
Agnieszka Młynarska-Cieślak, Mikołaj Chromiński, Tomasz Śpiewla, Marek R. Baranowski, Marcelina Bednarczyk, Jacek Jemielity, and Joanna Kowalska*
ACS Chem. Biol. 2022, 17, 3, 661–669
Substrate-Based Design of Cytosolic Nucleotidase IIIB Inhibitors and Structural Insights into Inhibition Mechanism
Dorota Kubacka, Mateusz Kozarski, Marek R. Baranowski, Radosław Wójcik, Joanna Panecka-Hofman, Dominika Strzelecka, Jerome Basquin, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska
Pharmaceuticals 2022, 15(5), 554
Fluorescence-Based Activity Screening Assay Reveals Small Molecule Inhibitors of Vaccinia Virus mRNA Decapping Enzyme D9
Marcelina Bednarczyk, Jessica K. Peters, Renata Kasprzyk, Jagoda Starek, Marcin Warmiński, Tomasz Śpiewla, Jeffrey S. Mugridge, John D. Gross, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska
ACS Chem. Biol. 2022, 17, 6, 1460–1471
Molecule Edit Graph Attention Network: Modeling Chemical Reactions as Sequences of Graph Edits
Mikołaj Sacha, Mikołaj Błaż, Piotr Byrski, Paweł Dąbrowski-Tumański, Mikołaj Chromiński, Rafał Loska, Paweł Włodarczyk-Pruszyński, Stanisław Jastrzębski
J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 7, 3273–3284
Novel N7-Arylmethyl Substituted Dinucleotide mRNA 5′cap Analogs: Synthesis and Evaluation as Modulators of Translation
Radosław Wójcik, Marek R. Baranowski, Łukasz Markiewicz, Dorota Kubacka, Marcelina Bednarczyk, Natalia Baran, Anna Wojtczak, Paweł J. Sikorski, Joanna Zuberek, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Pharmaceutics 13(11), 1941
Reproducible and efficient new method of RNA 3′-end labelling by CutA nucleotidyltransferase-mediated CC-tailing
Rafał Tomecki, Kamil Kobylecki, Karolina Drazkowska, Malwina Hyjek-Skladanowska, Andrzej Dziembowski
RNA Biology
Ethylenediamine derivatives efficiently react with oxidized RNA 3′ ends providing access to mono and dually labelled RNA probes for enzymatic assays and in vivo translation
Adam Mamot, Pawel J Sikorski, Aleksandra Siekierska, Peter de Witte, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Nucleic Acids Research
Identification and evaluation of potential SARS-CoV-2 antiviral agents targeting mRNA cap guanine N7-Methyltransferase
Renata Kasprzyk, Tomasz J. Spiewla, Mirosław Śmietański, Sebastian Golojuch, Laura Vangeel, Steven De Jonghe, Dirk Jochmans, Johan Neyts, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Antiviral Research
Nucleotide-decorated AuNPs as probes for nucleotide-binding proteins
Olga Perzanowska, Maciej Majewski, Malwina Strenkowska, Paulina Głowala, Mariusz Czarnocki-Cieciura, Maciej Mazur, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Scientific Reports, Vol. 11 (2021) 15741
Enzymatic assays to explore viral mRNA capping machinery
Renata Kasprzyk, prof. dr hab. Jacek Jemielity
ChemBioChem
Cellular delivery of dinucleotides by conjugation with small molecules: targeting translation initiation for anticancer applications
Natalia Kleczewska, Paweł J. Sikorski, Zofia Warmińska, Łukasz Markiewicz, Renata Kasprzyk, Natalia Baran, Karina Kwapiszewska, Aneta Karpińska, Jarosław Michalski, Robert Holyst, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity
Chemical Science, Vol. 30 Issue 12, 10242-10251
Upregulation of RNA cap methyltransferase RNMT drives ribosome biogenesis during T cell activation
Alison Galloway, Aneesa Kaskar, Dimitrinka Ditsova, Abdelmadjid Atrih, Harunori Yoshikawa, Carolina Gomez-Moreira, Olga Suska, Marcin Warminski, Renata Grzela, Angus I Lamond, Edward Darżynkiewicz, Jacek Jemielity, Victoria H Cowling
Nucleic Acids Research, Vol. 49, Issue 12, 6722–6738
RNA Ligation for Mono and Dually Labeled RNAs
Dr. Anaïs Depaix, Agnieszka Młynarska-Cieślak, Dr. Marcin Warmiński, Dr. Paweł J. Sikorski, Prof. Dr. Jacek Jemielity, Dr. Joanna Kowalska
Chemistry - A European Journal
Biomolecular condensates amplify mRNA decapping by biasing enzyme conformation
Ryan W. Tibble, Anaïs Depaix, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity & John D. Gross
Nature Chemical Biology, Vol. 17, Issue 5, 615-623
Evaluation of carboxyfluorescein-labeled 7-methylguanine nucleotides as probes for studying cap-binding proteins by fluorescence anisotropy
Anna Wojtczak, Renata Kasprzyk, Marcin Warmiński, Krystian Ubych, Dorota Kubacka, Paweł J. Sikorski, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska
Scientific Reports, Vol. 11, Issue 1, 7687
Tricks and threats of RNA viruses – towards understanding the fate of viral RNA
Łukasz Markiewicz, Karolina Drążkowska, Paweł J. Sikorski
RNA Biology, Vol. 18, Issue 5, 669-687
Structural Insights into the Interaction of Clinically Relevant Phosphorothioate mRNA Cap Analogs with Translation Initiation Factor 4E Reveal Stabilization via Electrostatic Thio-Effect
Marcin Warmiński, Joanna Kowalska, Elżbieta Nowak, Dorota Kubacka, Ryan Tibble, Renata Kasprzyk, Paweł J. Sikorski, John D. Gross, Marcin Nowotny, Jacek Jemielity*
ACS Chemical Biology, Vol. 16, Issue 2, 334-343
An integrative approach uncovers transcriptome-wide determinants of mRNA stability regulation in Saccharomyces cerevisiae
Rafał Tomecki, Karolina Drążkowska
FEBS, Vol. 288, Issue 11, 3418-3423
The Strategies to Support the COVID-19 Vaccination with Evidence-Based Communication and Tackling Misinformation
Piotr Rzymski, Leszek Borkowski, Marcin Drąg, Robert Flisiak, Jacek Jemielity, Jacek Krajewski, Agnieszka Mastalerz-Migas, Andrzej Matyja, Krzysztof Pyrć, Krzysztof Simon, Michał Sutkowski, Jacek Wysocki, Joanna Zajkowska, Andrzej Fal
Vaccines, Vol. 9, Issue 2, 109
Kinetic analysis of IFIT1 and IFIT5 interactions with different native and engineered RNAs and its consequences for designing mRNA-based therapeutics
Miedziak, B., Dobieżyńska, A., Darżynkiewicz, Z. M., Bartkowska, J., Miszkiewicz, J., Kowalska, J., ... & Darzynkiewicz, E.
RNA, 26(1), 58-68.
Purine and pyrimidine dinucleoside polyphosphates differentially affect the phenylpropanoid pathway in Vitis vinifera L. cv. Monastrell suspension cultured cells.
Pietrowska-Borek, M., Wojdyła-Mamoń, A., Dobrogojski, J., Młynarska-Cieślak, A., Baranowski, M. R., Dąbrowski, J. M., ... & Guranowski, A.
Plant Physiology and Biochemistry, 147, 125-132.
The identity and methylation status of the first transcribed nucleotide in eukaryotic mRNA 5’ cap modulates protein expression in living cells
Sikorski, P. J., Warminski, M., Kubacka, D., Ratajczak, T., Nowis, D., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Nucleic Acids Research, 48(4), 1607-1626.
Phosphodiester modifications in mRNA polyA tail prevent deadenylation without compromising protein expression
Strzelecka, D., Smietanski, M., Sikorski, P. J., Warminski, M., Kowalska, J., & Jemielity, J.
RNA, 26(12), 1815-1837
Synthesis of trifluoromethylated purine ribonucleotides and their evaluation as 19F NMR probes
Chrominski, M., Baranowski, M. R., Chmielinski, S., Kowalska, J., & Jemielity, J.
The Journal of organic chemistry, 85(5), 3440-3453
Direct High-Throughput Screening Assay for mRNA Cap Guanine-N7 Methyltransferase Activity
Kasprzyk, R., Fido, M., Mamot, A., Wanat, P., Smietanski, M., Kopcial, M., ... & Jemielity, J.
Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
Exploring tryptamine conjugates as pronucleotides of phosphate-modified 7-methylguanine nucleotides targeting cap-dependent translation
Golojuch, S., Kopcial, M., Strzelecka, D., Kasprzyk, R., Baran, N., Sikorski, P. J., ... & Jemielity, J.
Bioorganic & medicinal chemistry, 28(13), 115523
5′-fluoro(di)phosphate-labeled oligonucleotides are versatile molecular probes for studying nucleic acid secondary structure and interactions by 19F NMR
Baranowski, M. R., Warminski, M., Jemielity, J., & Kowalska, J.
Nucleic acids research, 48(15), 8209-8224
Efficient Synthesis of Trifluoromethylated Purine Ribonucleosides and Ribonucleotides
Chrominski, M., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, 83(1), e118
Solid-Phase Synthesis of RNA 5′-Azides and Their Application for Labeling, Ligation, and Cyclization Via Click Chemistry
Warminski, M., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, 82(1), e112
The identity and methylation status of the first transcribed nucleotide in eukaryotic mRNA 5′ cap modulates protein expression in living cells
Sikorski, P. J., Warminski, M., Kubacka, D., Ratajczak, T., Nowis, D., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Nucleic acids research, 48(4), 1607-1626
Fluorescent Turn‐On Probes for the Development of Binding and Hydrolytic Activity Assays for MRNA Cap‐Recognizing Proteins
Kasprzyk. R., Starek B.J., Ciechanowicz, S., Kubacka D., Kowalska J., Jemielity J. (2019).
Chemistry – A European Journal, 25(27), 6646–6646
N1-Propargylguanosine Modified mRNA Cap Analogs: Synthesis, Reactivity, and Applications to the Study of Cap-Binding Proteins
Kopcial, M., Wojtczak, B. A., Kasprzyk, R., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2019).
Molecules, 24(10), 1899.
7-Methylguanosine monophosphate analogues with 5′-(1,2,3-triazoyl) moiety: Synthesis and evaluation as the inhibitors of cNIIIB nucleotidase
Kozarski, M., Kubacka, D., Wojtczak, B. A., Kasprzyk, R., Baranowski, M. R., & Kowalska, J. (2018).
Bioorganic & medicinal chemistry, 26(1), 191-199.
5′-Phosphorothiolate Dinucleotide Cap Analogues: Reagents for Messenger RNA Modification and Potent Small-Molecular Inhibitors of Decapping Enzymes
Wojtczak, B. A., Sikorski, P. J., Fac-Dabrowska, K., Nowicka, A., Warminski, M., Kubacka, D., ... & Jemielity, J. (2018).
Journal of the American Chemical Society, 140(18), 5987-5999
Structure of the activated Edc1-Dcp1-Dcp2-Edc3 mRNA decapping complex with substrate analog poised for catalysis
Mugridge, J. S., Tibble, R. W., Ziemniak, M., Jemielity, J., & Gross, J. D. (2018).
Nature communications, 9(1), 1152
Exploring the potential of phosphotriazole 5′ mRNA cap analogues as efficient translation initiators
Walczak, S., Sikorski, P. J., Kasprzyk, R., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2018).
Organic & biomolecular chemistry, 16(36), 6741-6748
Roquin targets mRNAs in a 3′-UTR-specific manner by different modes of regulation
Essig, K., Kronbeck, N., Guimaraes, J. C., Lohs, C., Schlundt, A., Hoffmann, A., ... & Jemielity, J. (2018).
Nature communications, 9
ExciTides: NTP-derived probes for monitoring pyrophosphatase activity based on excimer-to-monomer transitions
Wanat, P., Kasprzyk, R., Kopcial, M., Sikorski, P. J., Strzelecka, D., Jemielity, J., & Kowalska, J. (2018).
Chemical Communications, 54(70), 9773-9776
mRNAs biotinylated within the 50 cap and protected against decapping: new tools to capture RNA – protein complexes
Bednarek, S., Madan, V., Sikorski, P. J., Bartenschlage, R., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2018).
Philosophical Transactions of The Royal Society B, 373
Nicotinamide-Containing Di- and Trinucleotides as Chemical Tools for Studies of NAD-Capped RNAs
Mlynarska-Cieslak, A., Depaix, A., Grudzien-Nogalska, E., Sikorski, P. J., Warminski, M., Kiledjian, M., ... & Kowalska, J. (2018).
Organic letters.
5′-Phosphorothiolate Dinucleotide Cap Analogues: Reagents for Messenger RNA Modification and Potent Small-Molecular Inhibitors of Decapping Enzymes
Wojtczak, B. A., Sikorski, P. J., Fac-Dabrowska, K., Nowicka, A., Warminski, M., Kubacka, D., . . .& Jemielity, J.
Journal of the American Chemical Society, 140(18)
mRNAs biotinylated within the 5′ cap and protected against decapping: new tools to capture RNA–protein complexes
Bednarek, S., Madan, V., Sikorski, P. J., Bartenschlager, R., Kowalska, J., & Jemielity, J.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 373(1762), 20180167
Analysis of mononucleotides by tandem mass spectrometry: investigation of fragmentation pathways for phosphate- and ribose-modified nucleotide analogues.
Strzelecka, D., Chmielinski, S., Bednarek, S., Jemielity, J., & Kowalska, J. (2017).
Scientific reports, 7(1), 8931.
Central Regulatory Role for SIN1 in Interferon γ (IFNγ) Signaling and Generation of Biological Responses.
Kroczynska, B., Blyth, G. T., Rafidi, R. L., Majchrzak-Kita, B., Xu, L., Saleiro, D., Kosciuczuk, E.M., Jemielity, J., Su, B., Altman, J.K. & Eklund, E. A. (2017).
Journal of Biological Chemistry, 292(11), 4743-4752.
Amino-Functionalized 5′ Cap Analogs as Tools for Site-Specific Sequence-Independent Labeling of mRNA.
Warminski, M., Sikorski, P. J., Warminska, Z., Lukaszewicz, M., Kropiwnicka, A., Zuberek, J., Darzynkiewicz, E., Kowalska, J. Darzynkiewicz, E., Kowalska, J. & Jemielity, J. (2017).
ioconjugate chemistry, 28(7), pp.1978-1992.
Synthesis of RNA 5′-Azides from 2′-O-Pivaloyloxymethyl-Protected RNAs and Their Reactivity in Azide–Alkyne Cycloaddition Reactions.
Warminski, M., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2017).
Organic letters, 19(13), 3624-3627.
mRNA cap analogues substituted in the tetraphosphate chain with CX2: identification of O-to-CCl2 as the first bridging modification that confers resistance to decapping without impairing translation.
Rydzik, A. M., Warminski, M., Sikorski, P. J., Baranowski, M. R., Walczak, S., Kowalska, J., Zuberek, J., Lukaszewicz, M., Nowak, E., W. Claridge, T.D. & Darzynkiewicz, E. (2017).
Nucleic acids research, 45(15), 8661-8675.
Synthesis of Aminoglycoside-2′-O-Methyl Oligoribonucleotide Fusions.
Granqvist, L., Kraszewski, A., Tähtinen, V., & Virta, P. (2017).
Molecules, 22(5), 760.
Comparison of preribosomal RNA processing pathways in yeast, plant and human cells – focus on coordinated action of endo- and exoribonucleases.
Tomecki, R., Sikorski, P. J., & Zakrzewska‐Placzek, M. (2017).
FEBS Letters 2017, 591(13), 1801–1850, IF=3.623
On the Interactions of Fused Pyrazole Derivative with Selected Amino Acids: DFT Calculations.
Czaja, K., Kujawski, J., Jodłowska-Siewert, E., Szulc, P., Ratajczak, T., Krygier, D., ... & Bernard, M. K. (2017).
Journal of Chemistry, 2017.
Applications of Phosphate Modification and Labeling to Study (m) RNA Caps.
Warminski, M., Sikorski, P. J., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2017).
Topics in Current Chemistry, 375(1), 16.
eIF4E phosphorylation by MST1 reduces translation of a subset of mRNAs, but increases lncRNA translation.
Min, K. W., Davila, S., Zealy, R. W., Lloyd, L. T., Lee, I. Y., Lee, R., Roh, K.H., Jung, A., Jemielity, J., Choi, E.J. & Chang, J. H. (2017).
Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Gene Regulatory Mechanisms, 1860(7), 761-772.
Structural and spectroscopic properties of itraconazole and ketoconazole–Experimental and theoretical studies.
Kujawski, J., Czaja, K., Jodłowska-Siewert, E., Dettlaff, K., Żwawiak, J., Kujawski, R., Ratajczak, T. & Bernard, M. K. (2017).
Journal of Molecular Structure, 1146, 259-266.
Azido-Functionalized 5ʹ-Cap Analogs for Preparation of Translationally Active mRNAs Suitable for Fluorescent Labeling in Living Cells.
Mamot, A.; Sikorski, P.; Warminski, M.; Kowalska, J.; Jemielity, J., (2017)
Angewandte Chemie International Edition, 56(49):15628-15632
Comparison of preribosomal RNA processing pathways in yeast, plant and human cells – focus on coordinated action of endo- and exoribonucleases
Tomecki, R., Sikorski, P. J., & Zakrzewska‐Placzek, M. (2017).
FEBS letters, 591(13), 1801-1850.
Cap analogs modified with 1,2-dithiodiphosphate moiety protect mRNA from decapping and enhance its translational potential
Strenkowska, M., Grzela, R., Majewski, M., Wnek, K., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., ... & Jemielity, J. (2016).
Nucleic acids research, 44(20), 9578-9590
A novel route for preparing 5′ cap mimics and capped RNAs: phosphate-modified cap analogues obtained via click chemistry
Walczak, S., Nowicka, A., Kubacka, D., Fac, K., Wanat, P., Mroczek, S., ... & Jemielity, J.
Chemical Science, 8(1), 260-267
Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1–Dcp2
Mugridge, J. S., Ziemniak, M., Jemielity, J., & Gross, J. D.
Nature structural & molecular biology
Cap analogs modified with 1, 2-dithiodiphosphate moiety protect mRNA from decapping and enhance its translational potential.
Strenkowska, M., Grzela, R., Majewski, M., Wnek, K., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., ... & Jemielity, J. (2016).
Nucleic acids research, 44(20), 9578-9590.
Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1-Dcp2.
Mugridge, J. S., Ziemniak, M., Jemielity, J., & Gross, J. D. (2016).
Nature Structural and Molecular Biology, 23(11), 987.
Acetylpyrene-labelled 7-methylguanine nucleotides: unusual fluorescence properties and application to decapping scavenger activity monitoring.
Kasprzyk, R., Kowalska, J., Wieczorek, Z., Szabelski, M., Stolarski, R., & Jemielity, J. (2016).
Organic & biomolecular chemistry 14, no. 16 (2016): 3863-3868.
Fluorescent HTS assay for phosphohydrolases based on nucleoside 5ʹ-fluorophosphates: application in screening for inhibitors of mRNA Decapping Scavenger and PDE-I
Baranowski, M. R., Nowicka, A., Jemielity, J., & Kowalska, J. (2016)
Organic & biomolecular chemistry, 14(20), 4595-4604
Clickable trimethylguanosine cap analogs modified within the triphosphate bridge: synthesis, conjugation to RNA and susceptibility to degradation
Wojtczak, B. A., Warminski, M., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Honcharenko, M., Smith, C. E., ... & Jemielity, J. (2016)
RSC Advances, 6(10), 8317-8328
Two-headed tetraphosphate cap analogs are inhibitors of the Dcp1/2 RNA decapping complex
Ziemniak, M., Mugridge, J. S., Kowalska, J., Rhoads, R. E., Gross, J. D., & Jemielity, J. (2016)
RNA, 22(4), 518-529
Interferon γ (IFNγ)-Signaling via mTORC2 and Regulatory Effects in the Generation of Type II IFN Biological Responses
Kroczynska, B., Rafidi, R. L., Majchrzak-Kita, B., Kosciuczuk, E. M., Blyth, G. T., Jemielity, J., ... & Fish, E. N. (2016)
Journal of Biological Chemistry, jbc-M115
Synthetic m3G-CAP attachment necessitates a minimum trinucleotide constituent to be recognised as a Nuclear Import Signal
Honcharenko, M., Bestas, B., Jezowska, M., Wojtczak, B. A., Moreno, P. M. D., Romanowska, J., ... & Strömberg, R. (2016).
RSC Advances, 6(56), 51367-51373.
Synthetic Capped mRNAs for Cap-Specific Photo-Cross-Linking Experiments
Kowalska, J., Martin, F., & Jemielity, J. (2016).
Synthetic mRNA: Production, Introduction Into Cells, and Physiological Consequences, 31-43.
Kinetic and solvent isotope effects on biotransformation of aromatic amino acids and their derivatives
Kańska, M., Jemielity, J., Pająk, M., Pałka, K., Podsadni, K., & Winnicka, E. (2016)
Journal of Labelled Compounds and Radiopharmaceuticals, 59(14), 627-634.
Phosphate-modified analogues of m7GTP and m7Gppppm7G – synthesis and biochemical properties
Ziemniak, M., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Zuberek, J., Wnek, K., Darzynkiewicz, E., & Jemielity, J. (2015)
Bioorganic & medicinal chemistry, 23(17), 5369-5381
Synthesis of fluorophosphate nucleotide analogues and their characterization as tools for 19F NMR studies.
Baranowski, M. R., Nowicka, A., Rydzik, A. M., Warminski, M., Kasprzyk, R., Wojtczak, B. A., ... & Jemielity, J. (2015).
The Journal of organic chemistry, 80(8), 3982-3997.
Ethynyl, 2-propynyl, and 3-butynyl C-phosphonate analogues of nucleoside di-and triphosphates: synthesis and reactivity in CuAAC.
Wanat, P., Walczak, S., Wojtczak, B. A., Nowakowska, M., Jemielity, J., & Kowalska, J. (2015).
Organic letters, 17(12), 3062-3065.
Gold-decorated polymer vessel structures as carriers of mRNA cap analogues
Kijewska, K., Głowala, P., Kowalska, J., Jemielity, J., Kaczyńska, K., Janiszewska, K., ... & Wiktorska, K. (2015)
Polymer, 57, 77-87.
Virus-like particle-mediated intracellular delivery of mRNA cap analog with in vivo activity against hepatocellular carcinoma.
Zochowska, M., Piguet, A. C., Jemielity, J., Kowalska, J., Szolajska, E., Dufour, J. F., & Chroboczek, J. (2015).
Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine 11, no. 1 (2015): 67-76
Synthesis of fluorophosphates nucleotide analogues and their characterization as tools for 19F NMR studies
Baranowski, M. R., Nowicka, A., Rydzik, A. M., Warminski, M., Kasprzyk, R., Wojtczak, B. A., ... & Jemielity, J. (2015).
The Journal of organic chemistry, 80(8), 3982-3997.
Cap analogs containing 6-thioguanosine–reagents for the synthesis of mRNAs selectively photo-crosslinkable with cap-binding biomolecules.
Nowakowska, M., Kowalska, J., Martin, F., d'Orchymont, A., Zuberek, J., Lukaszewicz, M., ... & Jemielity, J. (2014).
Organic & biomolecular chemistry, 12(27), 4841-4847.
Cap analogs containing 6-thioguanosine – reagents for the synthesis of mRNAs selectively photo-crosslinkable with cap-binding biomolecules
Nowakowska, M., Kowalska, J., Martin, F., d'Orchymont, A., Zuberek, J., Lukaszewicz, M., ... & Jemielity, J. (2014).
Organic & biomolecular chemistry, 12(27), 4841-4847.
Synthesis, properities and biological activity of boranophosphate analogs of the mRNA cap: versalite tools for manipulation of therapeutically relevant cap-dependent processes
Kowalska, J., Wypijewska del Nogal, A., Darzynkiewicz, Z. M., Buck, J., Nicola, C., Kuhn, A. N., ... & Maciejczyk, M. (2014)
Nucleic acids research, 42(16), 10245-10264
Analysis of decapping scavenger cap complex using modified cap analogs reveals molecular determinants for efficient cap binding.
Wypijewska del Nogal, A., Surleac, M. D., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Jemielity, J., Bisaillon, M., ... & Bojarska, E. (2013).
The FEBS journal, 280(24), 6508-6527.
Hint2, the mitochondrial nucleoside 5’-phosphoramidate hydrolase; properties of the homogeneous protein from sheep (Ovis aries) liver.
Wypijewska del Nogal, A., Surleac, M. D., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Jemielity, J., Bisaillon, M., ... & Bojarska, E. (2013).
The FEBS journal, 280(24), 6508-6527.
The synthesis of isopropylidene mRNA cap analogs modified with phosphorothioate moiety and their evaluation as promoters of mRNA translation.
Warminski, M., Kowalska, J., Buck, J., Zuberek, J., Lukaszewicz, M., Nicola, C., ... & Jemielity, J. (2013).
Bioorganic & medicinal chemistry letters, 23(13), 3753-3758.
Magnetic-nanoparticle-decorated polypyrrole microvessels: Toward encapsulation of mRNA cap analogues.
Kijewska, K., Jarzębińska, A., Kowalska, J., Jemielity, J., Kępińska, D., Szczytko, J., ... & Twardowski, A. (2013).
Biomacromolecules, 14(6), 1867-1876.
Potential therapeutic applications of RNA cap analogs
Ziemniak, M., Strenkowska, M., Kowalska, J., & Jemielity, J. (2013)
Future medicinal chemistry, 5(10), 1141-1172.
Tytuł Termin nadsyłania aplikacji
Doktorant (CeNT-30-2024) 25/10/2024
Student (CeNT-31-2024) 25/10/2024
Doktorant (CeNT-18-2024) 31/07/2024
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-10.1-2024) 25/07/2024
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-6-2024) 31/05/2024
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-10-2024) 31/05/2024
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-5-2024) 30/04/2024
Student (CeNT-3-2024) 20/03/2024
Pracownik inżynieryjno-techniczny (CeNT-42-2023)(WIB) 15/09/2023
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-38-2023) 31/08/2023
Stażysta podoktorski (Adiunkt) (WIB) (CeNT-23.2-2022) 15/02/2023
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-23.1-2022)(WIB) 30/09/2022
Student (CeNT-37-2022) 19/08/2022
Adiunkt (CeNT-18-2022) 22/07/2022
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-23-2022) 04/07/2022
Stażysta podoktorski (Adiunkt)(CeNT-20-2022) 15/06/2022
Pracownik inżynieryjno-techniczny (CeNT-21-2022) 05/06/2022
Lab Manager (CeNT-22-2022) 05/06/2022
Postdok (Adiunkt) (CeNT-7-2022) 11/03/2022
Student in the Laboratory of Bioorganic Chemistry 03/09/2021
Student in the Laboratory of Bioorganic Chemistry 03/09/2021
Student stypendysta w Laboratorium Chemii Bioorganicznej 09/10/2020
Postdoc (Adiunkt) w Laboratorium Chemii Bioorganicznej 15/09/2020
Postdoc (Adiunkt) w Laboratorium Chemii Bioorganicznej 01/06/2020
PhD Student in the Laboratory of Bioorganic Chemistry 04/05/2020
Adiunkt w Laboratorium Chemii Bioorganicznej 12/03/2020
Post-doc in Laboratory of Bioorganic Chemistry 31/08/2019
Ph. D. student in Laboratory of Bioorganic Chemistry 31/10/2018
Doktorant w Laboratorium Chemii Bioorganicznej 13/07/2018
Student w projekcie “Nowe selektywne inhibitory białek zależnych od kapu: synteza, dostarczanie i charakteryzacja”. 01/06/2018

Laboratorium Chemii Biologicznej funkcjonuje w dwóch lokalizacjach – zespół korzysta z gościnności Zakładu Biofizyki IFD, Wydziału Fizyki UW. Zespół CeNT współpracuje z pracownikami Wydziału Fizyki:

dr Ewa Grela

dr hab. Joanna Kowalska

mgr Tomasz Śpiewla

mgr inż. Sebastian Tasak

dr Marcin Warmiński

dr hab. Joanna Żuberek

Nazwa projektu: Horyzont doskonałości w zastosowaniach matrycowego RNA w immunoOnkologii [HERO], realizowany w ramach Wirtualnego Instytutu Badawczego (WIB)

Numer umowy: WIB-UF-PZ-01/01.00/2

Źródło funduszy: Fundusz Polskiej Nauki

Budżet: 69 160 450 zł, w tym dla Uniwersytetu Warszawskiego 17 197 100 zł

Czas trwania projektu: 2022-2026

Opis projektu: Minęła dekada od zatwierdzenia do użycia klinicznego pierwszej immunoterapii nowotworów, opartej na podawaniu inhibitorów punktów kontrolnych, tj. przeciwciał monoklonalnych, skierowanych przeciwko negatywnym cząsteczkom immunoregulacyjnym, takim jak CTLA-4, PD-1 i PD-L1. Od tego czasu inhibitory punktów kontrolnych stały się lekami
pierwszego rzutu w kilku typach nowotworów. Ponadto są stosowane w połączeniu z innymi metodami terapeutycznymi, co pozwala na długotrwałą kontrolę choroby nowotworowej. Jednakże spektakularne efekty terapeutyczne są obserwowane u mniejszości chorych na nowotwory. Nie można też przewidzieć odpowiedzi klinicznej przed rozpoczęciem leczenia. W przypadku wielu typów nowotworów leki hamujące punkty kontrolne są nieskuteczne. Dlatego wiele wysiłku wkłada się w identyfikację biomarkerów i nowych celów terapeutycznych oraz rozwój immunoterapii skojarzonych mających zwiększyć efektywność leczenia. Do takich strategii należą, rozwinięte w ostatnich latach, terapie oparte na mRNA. Najbardziej zaawansowane badania kliniczne dotyczą tworzenia spersonalizowanych szczepionek mRNA. Prowadzi je niemiecka firma biotechnologiczna BioNTech GMBH, która niedawno opracowała i zarejestrowała pierwszą szczepionkę mRNA przeciwko COVID-19. Co ważne, BioNTech posiada licencję na wykorzystanie w swoich pracach badawczych wynalazku w postaci analogu czapeczki 5′ (β-S-ARCA). Jego wynalazcami są prof. Jacek Jemielity i dr hab. Joanna Kowalska (naukowcy z Uniwersytetu Warszawskiego).