Profil
Zespół
Usługi
Regulamin
Formularze zamówień
Wyposażenie
Kontakt
Przewodnik po współpracy |
Profil
Laboratorium Specjalistyczne Genomiki CeNT (ang. Genomics Core Facility, GCF) zajmuje się analizą sekwencji RNA i DNA, ich struktur i interakcji w procesach biologicznych i biochemicznych. Laboratorium jest zarejestrowane pod identyfikatorem zasobów badawczych (ang. Research Resources ID, RRID): SCR_022718. Zatrudniamy wysoko wykwalifikowanych specjalistów z różnorodnym doświadczeniem i umiejętnościami. Nasze laboratorium jest wyposażone w najnowocześniejszą aparaturę, m.in. system do sekwencjonowania nowej generacji NovaSeq 6000 stanowiący podstawę naszej pracy.
Naszym celem jest wzbogacić środowisko akademickie w dostęp do szerokiego spektrum specjalistycznych urządzeń do badań w obszarze Genomiki i powiązanych z nią dyscyplin, takich jak: Metagenomika, Transkryptomika, Epigenomika, Interaktomika, Onkogenomika, Genomika Strukturalna i wiele innych dynamicznie rozwijających się obszarów. Zadanie to realizujemy poprzez profesjonalne wsparcie w planowaniu eksperymentów, ich przeprowadzaniu i analizie rezultatów, tak aby nawet mało doświadczeni użytkownicy mogli czerpać korzyść z nowoczesnych technik biologii molekularnej i bioinformatyki. Jednocześnie, poprzez współpracę z podmiotami nie akademickimi, mamy nadzieję tworzyć most pomiędzy nauką a wdrożeniem jej odkryć oraz inicjować szersze wykorzystanie osiągnięć współczesnej Genomiki w przemyśle i medycynie praktycznej.
Aby dowiedzieć się co możemy dla Państwa zrobić, zachęcamy do przeczytania jakie oferujemy usługi i formą współpracy oraz do kontaktu przez formularz internetowy!!! Prosimy również o zapoznanie się z Regulaminem współpracy. |
|
Usługi
Sekwencjonowanie nowej generacji na maszynach Illumina to trzyczęściowy proces, który składa się z przygotowania próbki (kontrukcja bibliotek do sekwencjonowania), sekwencjonowania i analizy danych. Te trzy usługi mogą być wycenione i świadczone w całości lub oddzielnie. Różne stawki obowiązują dla następujących grup użytkowników: akademików wewnętrznych (CeNT i UW), zewnętrznych oraz współprac komercyjnych. Dodatkowe usługi są również dostępne na życzenie. |
|
Wyposażenie
| Illumina NovaSeq 6000
Wysokoprzepustowy, najbardziej korzystny cenowo sekwenator w portfolio firmy Illumina
- Wysoka skalowalność:
- 65-3000 Gb/przebieg
- 800M-10B odczytów/przebieg
- długość odczytu do 2×250 bp
- Bardzo wysoka jakość (zazwyczaj ≥ 95% zasad odczytanych z phred score > Q37 w trybie 2×100 bp)
- Wysoka szybkość sekwencjonowania: 13-48 h
- Możliwość wykonania dwóch przebiegów jednocześnie
|
 |
| Illumina NextSeq 500
Średnioprzepustowy sekwenator o szerokim spektrum zastosowań
- Skalowalność:
- 20-120 Gb/przebieg
- 130-400 M odczytów/przebieg
- długoś odczytu do 2×150 bp
- Wysoka jakość (zazwyczaj ≥ 90% zasad odczytanych z phred score >Q30 w trybie 2×75bp)
- Wysoka szybkość sekwencjonowania: 11-29 h
|
 |
| Illumina MiSeq
Relatywnie niskoprzepustowy sekwenator przeznaczony do małych projektów, sekwencjonowania amplikonów lub przebiegów testowych
- Wysoka skalowalność niskoprzepustowych przebiegów:
- 0.3-15 Gb/przebieg
- 1-25M odczytów/przebieg
- najdłuższa długość odczytu : do 2×300 bp
- Wysoka szybkość sekwencjonowania: 6-56 h
|
 |
| Systemy do automatycznego przeprowadzania reakcji |
|
| Freedom EVO 150/8
Automatyczna stacja pipetująca do przygotowania reakcji.
- Dwa typu ramion robota: 8 kanałowe ramię pipetujące (LiHA) oraz ramię do przenoszenia akcesoriów laboratoryjnych (ROMA)
- Skalowalność względem różnorodnych formatów i rozmiarów akcesoriów -od płytek 384-dołkowych do reserwuarów o objętości rzędu setek ml
- Szeroki zakres modułów do manipulacji cieczą, przeprowadzania reakcji i analiz.
- Moduł grzewczy
- Moduł mieszający
- Czytnik fluorymetryczny
- Moduł separacji magnetycznej
|
 |
| Ocena jakościowa i ilościowa kwasów nukleinowych |
|
| TapeStation 2200
System do zautomatyzowanej analizy jakościowej kwasów nukleinowych i białek oparty na elektroforezie na taśmach.
- Wysoka czułość – od 10 pg dla DNA , 200 pg dla RNA, 5 ng dla białek
- Wysoka rozdzielczość – do 5 bp dla DNA/RNA i 0.5 kDa dla białek
- Szeroki zakres zestawów odczynników do:
- DNA (od 30 bp do 10 kbp)
- całkowitego RNA i mRNA
- białek (do 200 kDa)
- Elastyczność pracy – możliwość analizy dla jednej próbki
|
 |
| BioAnalyzer 2100
System do zautomatyzowanej analizy jakościowej kwasów nukleinowych i białek oparty na elektroforezie na taśmach.
- Bardzo wysoka czułość– od 5 pg dla DNA , 50 pg dla RNA, 0.3 ng dla białek
- Wysoka rozdzielczość – do 5 bp dla DNA/RNA and 0.5 kDa dla białek
- Szeroki zakres zestawów odczynników do:
- DNA (od 30 bp do 10 kbp)
- całkowitego RNA i mRNA
- małych RNA
- białek (do 250 kDa)
- 11-12 próbek jednocześnie
|
 |
LightCycler 480
System do PCR w czasie rzeczywistym.
- Wysokoprzepustowy system – 384-dołkowy format płytek
- Pomiary dla kwasów nukleinowych w eksperymentach typu:
- analiza ekspresji genów
- genotypowanie
- detekcja specyficzna do sekwencji
- optymalizacja amplifikacji metodą PCR
- pomiary ilościowe stężenia bibliotek do sekwencjonowania
|
 |
| Preparatyka kwasów nukleinowych |
|
| Covaris S220
System do bardzo precyzyjnej sonikacji silnie skupioną wiązką fali z systemem chłodzenia.
- Bardzo wysoka powtarzalność pracy dzięki:
- silnie skoncentrowanej wiązce
- zewnętrznym systemie chłodzenia
- systemie odgazowania wody
- konstrukcji fiolek
- Wysoka precyzja bardzo porównywalnej fizycznej fragmentacji DNA do określonej wielkości
- Duża efektywność dezintegracji komórek i fragmentacji chromatyny
|
 |
| Covaris M220
System do bardzo precyzyjnej sonikacji silnie skupioną wiązką
- Bardzo wysoka powtarzalność pracy dzięki:
- silnie skoncentrowanej wiązce
- wewnętrznym systemie kontroli temperatury
- konstrukcji fiolek
- Wysoka precyzja bardzo porównywalnej fizycznej fragmentacji DNA do określonej wielkości
- Duża efektywność dezintegracji komórek i fragmentacji chromatyny
|
 |
|
|
Kontakt
Aby ułatwić przekazanie wszystkich niezbędnych informacji potrzebnych do rozpoczęcia współpracy z nami przygotowaliśmy dla Państwa formularz. Inicjując kontakt z nami zachęcamy do jego wypełnienia.
Formularz kontaktowy
Pytania i informacje nieobjęte formularzem prosimy kierować drogą mailową lub telefoniczną:
Przygotowanie próbek i sekwencjonowanie
Dorota Adamska, d.adamska@cent.uw.edu.pl, +48 22 55 43628
Analiza bioinformatyczna
dr Krzysztof Goryca, k.goryca@cent.uw.edu.pl, +48 22 55 43681 |
