Profil
Kierownik
Zespół
Projekty
Publikacje
Kontakt
Strona www |
Profil
dr hab. Piotr Setny
e-mail: p.setny@cent.uw.edu.pl
telefon: +48 22 55 43660
pokój: 04.06
ORCID: 0000-0002-0769-0943
SCOPUS ID: 6506208835
Celem naszych badań jest zrozumienie mechanizmów fizycznych leżących u podstaw funkcjonowania układów biomolekularnych. Chcemy odpowiedzieć na pytanie w jaki sposób struktura makromolekuł determinuje ich właściwości dynamiczne i w jaki sposób dynamika przekłada się na zdolność do pełnienia określonej roli w żywej komórce. W naszej pracy posługujemy się symulacjami komputerowymi, metodami fizyki statystycznej, technikami bioinformatycznymi oraz narzędziami analizy danych.
W obecnej chwili skupiamy się na:
– badaniu roli zlokalizowanych cząsteczek wody w strukturach kinaz białkowych,
– badaniu oddziaływania peptydu fuzyjnego wirusa grypy z błoną lipidową,
– rozwijaniu metod opisu hydratacji makromolekuł.
Realizowane projekty
– Efekty hydratacyjne w kinazach białkowych (Sonata, NCN)
– Embo Installation Grant |
|
Kierownik
Piotr Setny jest biofizykiem teoretycznym i obliczeniowym. Rozwija i stosuje modele fizyczne do opisu i symulacji cząsteczek biologicznych w celu uzyskania wglądu w zasady rządzące ich strukturą, dynamiką i funkcją. Szczególnie interesuje go wzajemne oddziaływanie między samymi cząsteczkami a środowiskiem wodnym, w którym żyją. W tym celu bada wolne energie hydratacji białek zależne od ich konformacji, bada rolę zagnieżdżonych cząsteczek wody i opracowuje nowe podejścia teoretyczne do opisu hydratacji makrocząsteczek. Jednym z jego nowych tematów badawczych jest zachowanie polipeptydów i białek na granicy roztworu wodnego i błon lipidowych.
|
|
Wybrane publikacje
- Domanska M., Setny P.
Exploring the Properties of Curved Lipid Membranes: Comparative Analysis of Atomistic and Coarse-Grained Force Fields
(2024) Journal of Physical Chemistry B, 128 (29), pp. 7160 – 7171
DOI: 10.1021/acs.jpcb.4c02310
- Orlikowska-Rzeznik H., Krok E., Domanska M., Setny P., Lągowska A., Chattopadhyay M., Piatkowski L.
Dehydration of Lipid Membranes Drives Redistribution of Cholesterol Between Lateral Domains
(2024) Journal of Physical Chemistry Letters, 15 (16), pp. 4515 – 4522
DOI: 10.1021/acs.jpclett.4c00332
- Michalski M., Setny P.
Two modes of fusogenic action for influenza virus fusion peptide
(2023) PLoS Computational Biology, 19 (5 May), art. no. e1011174
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011174
- Sobieraj, M., Setny, P.
Granger Causality Analysis of Chignolin Folding
(2022) J. Chem. Theory Comput., 18, 3, 1936–1944
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00945
- Michalski, M., Setny, P.
Membrane-Bound Configuration and Lipid Perturbing Effects of Hemagglutinin Subunit 2 N-Terminus Investigated by Computer Simulations
(2022) Front. Mol. Biosci., 27 January 2022
DOI: 10.3389/fmolb.2022.826366
- Stasiulewicz A., Lesniak A., Setny P., Bujalska-Zadrożny M., Sulkowska J.I.
Identification of CB1 Ligands among Drugs, Phytochemicals and Natural-Like Compounds: Virtual Screening and in Vitro Verification
(2022) ACS Chemical Neuroscience, 13 (20), pp. 2991 – 3007
DOI: 10.1021/acschemneuro.2c00502
- Michalski M., Setny P.
Membrane-Bound Configuration and Lipid Perturbing Effects of Hemagglutinin Subunit 2 N-Terminus Investigated by Computer Simulations
(2022) Frontiers in Molecular Biosciences, 9, art. no. 826366
DOI: 10.3389/fmolb.2022.826366
- Michalski, M., Berski, S.
Understanding the molecular mechanism of the chlorine atom transfer between ammonia and hypochlorous acid with electron localisation function (ELF)
(2021) Mol Phys, 119(23), e1961035
DOI: 10.1080/00268976.2021.1961035
- Michalski, M., Gordon, A. J., Berski, S.
Theoretical insights and quantitative prediction of the nature of boron–chalcogen (O, S, Se, Te) interactions using the electron density and the electron localisation function (ELF)
(2021) Polyhedron, 210, 115495
DOI: 10.1016/j.poly.2021.115495
- Worch, R.; Dudek, A.; Borkowska, P.; Setny, P.
Transient Excursions to Membrane Core as Determinants of Influenza Virus Fusion Peptide Activity
(2021) Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 5301.
DOI: 10.3390/ijms22105301
|
