Profil
Kierownik
Zespół
Projekty
Publikacje
Kontakt
Strona www |
Profil
prof. dr hab. Joanna Trylska
e-mail: joanna@cent.uw.edu.pl
telefon: +48 22 55 43683
pokój: 04.03
ORCID: 0000-0002-1464-5323
SCOPUS ID: 6602930387
W Laboratorium Maszyn Biomolekularnych prowadzimy badania teoretyczne i doświadczalne, których głównym celem jest poszukiwanie efektywnych pochodnych antybiotyków. W naszych badaniach wykorzystujemy metody fizyki, chemii, bioinformatyki, biologii molekularnej, mikrobiologii oraz modelowania molekularnego. Stosując metody obliczeniowe, projektujemy związki przeciwbakteryjne; następnie przeprowadzamy ich syntezę, stabilizujemy ich strukturę trzeciorzędową, badamy ich oddziaływanie z błonami bakteryjnymi i testujemy aktywność przeciwbakteryjną.
Kolejnym obszarem badań są proteazy, w szczególności wirusowe. Badamy, jak zatłoczenie makromolekularne wpływa na ich dynamikę i aktywność enzymatyczną.
W zespole pracują chemicy, biofizycy, biolodzy i bioinformatycy, a nasze obszary badawcze obejmują:
- projektowanie, syntezę i testowanie peptydów przeciwbakteryjnych,
- projektowanie, syntezę i testowanie transporterów peptydowych kwasów nukleinowych (PNA) do komórek bakterii,
- syntezę koniugatów antybiotyków z peptydami w celu zwiększenia ich aktywności przeciwbakteryjnej,
- badanie wpływu zatłoczenia komórkowego na funkcję enzymów i skuteczność leków,
- rozwój metod obliczeniowych do badania dynamiki molekularnej i oddziaływań biomolekularnych,
- rozwój oprogramowania i narzędzi do analizy wyników dynamiki molekularnej.
|
|
Wybrane publikacje
- Siekierska I., Trylska J.
Aminoglycoside–Peptide Nucleic Acid (PNA) conjugates against Gram-negative bacteria
(2025) Bioconjugate Chem., 36 (12) 2557-2568
DOI:10.1021/acs.bioconjchem.5c00215
- Tsylents U., Maj P., Wdowiak M., Stadnicki J., Mieczkowski A., Wojciechowska M., Trylska J.
Modulating backbone flexibility in hydroxamate siderophores for improved iron chelation and peptide nucleic acid (PNA) delivery into bacteria
(2026) Biochem. J., 483 (5) 777-801
DOI: https://dx.doi.org/10.1042/BCJ20253458
- Siekierska I., Burmistrz M., Trylska J.
Evaluating delivery of peptide nucleic acids to Gram-negative bacteria using differently linked membrane-active peptides and their stapled analogs
(2024) Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters, 114, art. no. 129993
DOI: 10.1016/j.bmcl.2024.129993
- Chyży P., Kulik M., Shinobu A., Re S., Sugita Y., Trylska J.
Molecular dynamics in multidimensional space explains how mutations affect the association path of neomycin to a riboswitch
(2024) Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 121 (15), art. no. e2317197121
DOI: 10.1073/pnas.2317197121
- Tsylents U., Burmistrz M., Wojciechowska M., Stępień J., Maj P., Trylska J.
Iron uptake pathway of Escherichia coli as an entry route for peptide nucleic acids conjugated with a siderophore mimic
(2024) Frontiers in Microbiology, 15, art. no. 1331021
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1331021
- Macyszyn J., Chyży P., Burmistrz M., Lobka M., Miszkiewicz J., Wojciechowska M., Trylska J.
Structural dynamics influences the antibacterial activity of a cell-penetrating peptide (KFF)3K
(2023) Scientific Reports, 13 (1), art. no. 14826
DOI: 10.1038/s41598-023-38745-y
- Dyzma A., Wielgus-Kutrowska B., Girstun A., Matošević Z.J., Staroń K., Bertoša B., Trylska J., Bzowska A.
Trimeric Architecture Ensures the Stability and Biological Activity of the Calf Purine Nucleoside Phosphorylase: In Silico and In Vitro Studies of Monomeric and Trimeric Forms of the Enzyme
(2023) International Journal of Molecular Sciences, 24 (3), art. no. 2157
DOI: 10.3390/ijms24032157
- Macyszyn J., Burmistrz M., Mieczkowski A., Wojciechowska M., Trylska J.
Conjugates of Aminoglycosides with Stapled Peptides as a Way to Target Antibiotic-Resistant Bacteria
(2023) ACS Omega, 8 (21), pp. 19047 – 19056
DOI: 10.1021/acsomega.3c02071
- Ostrowska N., Feig M., Trylska J.
Varying molecular interactions explain aspects of crowder-dependent enzyme function of a viral protease
(2023) PLoS Computational Biology, 19 (4), art. no. e1011054
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011054
- Tsylents U., Siekierska I., Trylska J.
Peptide nucleic acid conjugates and their antimicrobial applications—a mini-review
(2023) European Biophysics Journal, 52 (6-7), pp. 533 – 544
DOI: 10.1007/s00249-023-01673-w
- Wojciechowka, M., Macyszyn, J., Miszkiewicz, J., Grzela, R., Trylska, J.
Stapled Anoplin as an Antibacterial Agent
(2021) Front. Microbiol., 13 December
DOI: 10.3389/fmicb.2021.772038
- Chrabąszczewska, M.; Winiewska-Szajewska, M.; Ostrowska, N.; Bojarska, E.; Stępiński, J.; Mancewicz, Ł.; Łukaszewicz, M.; Trylska, J.; Taube, M.; Kozak, M.; et al.
Insight into the Binding and Hydrolytic Preferences of hNudt16 Based on Nucleotide Diphosphate Substrates.
(2021) Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 10929
DOI: 10.3390/ijms222010929
|
