Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej

Prace zespołu Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej koncentrują się wokół dwóch głównych zagadnień. Pierwszym z nich jest badanie historycznych populacji ludzkich; w tym historia populacji z terenów Polski, a także historia populacji i organizacja społeczna w kulturach przedkolumbijskich Ameryki Południowej, drugim historie ewolucyjne wybranych gatunków zwierząt w późnym plejstocenie i holocenie, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu zmian klimatu na populacje ssaków. Zagadnienie to, poza wymiarem czysto poznawczym, jest też istotne z punktu widzenia przewidywania związanych z klimatem zmian we współczesnych populacjach zwierząt.

Do realizacji obydwu zagadnień wykorzystujemy analizy antycznego DNA, czyli DNA uzyskiwanego ze szczątków martwych organizmów (np. kości, zębów, zmumifikowanych tkanek miękkich). Stosujemy szereg technik pozwalających na ekstrakcję, namnożenie i sekwencjonowanie silnie zdegradowanego materiału genetycznego, który zachował się w szczątkach ludzkich lub zwierzęcych. Do realizacji projektów badawczych wykorzystujemy metody z zakresu genetyki sądowej, populacyjnej jak i filogenetyki oraz filogeografii.

W ramach Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej możliwe jest wykonanie szeregu badań takich jak określanie przynależności gatunkowej szczątków zwierzęcych, określania płci i pokrewieństwa osób pochowanych w jednym grobowcu lub stanowisku archeologicznym. Możliwe jest też odtworzenie niektórych cech fenotypowych (kolor oczu, kolor włosów). Zapraszamy do współpracy archeologów zainteresowanych przeprowadzeniem analiz genetycznych badanego przez nich materiału.

Współpracujemy z Muzeum i Instytutem Zoologii PAN przy projekcie dr Martyny Molak-Tomsia pt: Tiwanaku – badanie charakterystyki, pochodzenia oraz zmian w populacji prekolumbijskiej kultury znad jeziora Titicaca z użyciem metod genetycznych.

Studenci zainteresowani wykonywaniem pracy licencjackiej lub magisterskiej w Laboratorium Paleogenetyki i Genetyki Konserwatorskiej mogą uzyskać dodatkowe informacje u dr Mateusza Bacy (bacamat@gmail.com).

Praca wykonywana będzie w ramach Instytutu Genetyki i Biotechnologii, Wydziału Biologii, UW.

Poza tym, w Laboratorium realizowane są prace z zakresu ekspresji genów u prostych Eukaryota. Modelem badawczym jest workowiec Aspergillus nidulans. Badania prowadzone są przede wszystkim nad regulacją genów szlaku katabolizmu argininy.

Celem badań jest:

  • identyfikacja genów regulacyjnych,
  • ustalenie poziomu działania i zakresu współdziałania genów regulacji specyficznej i ogólnej, tj. kontrolujących metabolizm azotowy i węglowy,
  • ustalenie mechanizmu działania kompleksu białek KEOPS-EKC.

Współpraca:

  • Prof. Adam Nadachowski – Instytut Systematyki i Ewolucji Zwierząt, PAN
  • Prof. Mariusz Ziółkowski – Ośrodek Badań Prekolumbijskich UW
  • Prof. Paweł Mackiewicz – Zakład Genomiki, UWr
  • Prof. Alexei Vranich – UCLA
  • Dr Krzysztof Stefaniak – Zakład Paleozoologii, UWr
  • Dr Magdalena Niedziałkowska – Instytut Biologii Ssaków, PAN
  • Dr Maciej Krajcarz – Instytut Nauk Geologicznych, PAN
  • Dr Verena J. Schuenemann – Institute of Evolutionary Medicine, University of Zurich
Prof. dr hab. Piotr Węgleński
e-mail: p.weglenski@cent.uw.edu.pl
telefon: +48 22 55 43746
pokój: 04.224

Geneticist, professor at the University of Warsaw.

All scientific career connected with the University of Warsaw: 1961 Master’s degree, 1965 doctorate, 1974 habilitation, 1982 associate professor, 1989 full professor.

He has done post-doctoral research in Great Britain and the US. Visiting professor at the Masachussetts Institute of Technology (1987 -1989) and Universite Paris-Sud (1991). Vice-Chancellor of the University of Warsaw in the 1980s and 1990s, Rector in 1999-2005.

Professor Węgleński is a pioneer of genetic engineering in Poland, author of several dozen publications in the field of genetics and co-author of several academic books and textbooks. Cited more than 600 times, index H=17. He has promoted several dozen master’s and several doctoral theses. He received honorary doctorates from the Universities of Ivanofrankivsk (Ukraine), Podgorica (Montenegro), Sofia (Bulgaria) and Arequipie (Peru), as well as French Golden Academic Palms and Commander’s Cross of the Order of Polonia Restituta. He is a full member of the Polish Academy of Sciences, a member of the Warsaw Scientific Society and a member of the Commission for Ethics in Science.


Tytuł Kierownik projektu Okres Finansowanie
Analiza kopalnych genomów małych ssaków jako narzędzie do rekonstrukcji odpowiedzi gatunków na zmiany klimatu Mateusz Baca 2021 - 2026 SONATA BIS 10, NCN
Pięć tysięcy lat historii kota domowego w Europie Środkowej. Interdyscyplinarne studium paleogenetyczne i archeozoologiczne Danijela Popovic 2020 - 2024 OPUS 18, NCN
Odtworzenie historii ewolucyjnej śnieżnika europejskiego (Chionomys nivalis, Cricetidae, Mammalia) w oparciu o kopalny DNA i datowania radiowęglowe w kontekście zmian klimatu w późnym plejstocenie i holocenie Aleksandra Żeromska 2021 - 2024 PRELUDIUM 19, NCN
Analizy genetyczne wymarłych i współczesnych form suhaka (rodzaj Saiga, rodzina Bovidae) w celu określenia ich zróżnicowania taksonomicznego i relacji filogeograficznych w porównaniu z danymi morfologicznymi i paleoklimatycznymi Mateusz Baca 2021 - 2024 OPUS 19, NCN
Genetyczna historia Polaków Piotr Węgleński 2019 - 2022 OPUS 16, NCN
Wpływ zmian klimatu i środowiska na dynamikę populacji, migracje i wymieranie wybranych gatunków gryzoni w późnym plejstocenie i holocenie Mateusz Baca 2018 - 2022 OPUS 13, NCN
Filogeografia, zróżnicowanie genetyczne i środowiska występowania łosia w Eurazji w późnym plejstocenie i holocenie Danijela Popovic 2019 - 2022 OPUS 15, NCN
Nowa rola KAEA, silnie konserwowanej kompleksu podjednostkiKEOPS/EKC, u modelowego grzyba strzepkowego Aspergillus nidulans Joanna Gawlik 2017 - 2021 PRELUDIUM 12, NCN
Historia ewolucyjna dwóch gatunków norników w późnym plejstocenie i holocenie. Rekonstrukcja reakcji populacji na zmiany klimatu z wykorzystaniem antycznego DNA i datowań radiowęglowych Mateusz Baca 2016 - 2020 SONATA 10, NCN
Molecular species assignment and dating of putative pre-Columbian dog remains excavated from Bolivia
Popović, D., España, V. M., Ziółkowski, M., Weglenski, P., & Baca, M.
Journal of Archaeological Science: Reports, 31, 102273
Diverse responses of common vole (Microtus arvalis) populations to Late Glacial and Early Holocene climate changes – Evidence from ancient DNA
Baca, M., Popović, D., Baca, K., Lemanik, A., Doan, K., Horáček, I., ... & Nadachowski, A.
Quaternary Science Reviews, 233, 106239
The impact of major warming at 14.7 ka on environmental changes and activity of Final Palaeolithic hunters at a local scale (Orawa-Nowy Targ Basin, Western Carpathians, Poland
Lemanik, A., Baca, M., Wertz, K., Socha, P., Popović, D., Tomek, T., ... & Nadachowski, A.
Archaeological and Anthropological Sciences, 12(3), 1-21
Ancestors of domestic cats in Neolithic Central Europe: Isotopic evidence of a synanthropic diet
Krajcarz, M., Krajcarz, M. T., Baca, M., Baumann, C., Van Neer, W., Popović, D., ... & Bocherens, H.
Proceedings of the National Academy of Sciences, 117(30), 17710-17719
2000-year-old pathogen genomes reconstructed from metagenomic analysis of Egyptian mummified individuals
Neukamm, J., Pfrengle, S., Molak, M., Seitz, A., Francken, M., Eppenberger, P., ... & Schuenemann, V. J.
BMC biology, 18(1), 1-18
New ancient Eastern European Yersinia pestis genomes illuminate the dispersal of plague in Europe
Morozova, I., Kasianov, A., Bruskin, S., Neukamm, J., Molak, M., Batieva, E., ... & Schuenemann, V. J.
Philosophical Transactions of the Royal Society B, 375(1812), 20190569
Ancient DNA and Genetic Engineering
Węgleński, P.
Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego
The role of the GATA transcription factor AreB in regulation of nitrogen and carbon metabolism in Aspergillus nidulans
Chudzicka-Ormaniec, P., Macios, M., Koper, M., Weedall, G. D., Caddick, M. X., Weglenski, P., & Dzikowska, A.
FEMS Microbiology Letters
Highly divergent lineage of narrow-headed vole from the Late Pleistocene Europe
Baca, M., Popović, D., Lemanik, A., Baca, K., Horáček, I., & Nadachowski, A.
Scientific reports, 9(1), 1-10.
Microsatellite multiplexes for the genetic analyses of northern pike (Esox lucius) populations
Płecha, M., Panagiotopoulou, H., Popović, D., Michalska-Parda, A., Gromadka, R., Węgleński, P., & Stanković, A
Fisheries & Aquatic Life, 27(1), 33-40
Human-mediated dispersal of cats in the Neolithic Central Europe
Baca, M., Popović, D., Panagiotopoulou, H., Marciszak, A., Krajcarz, M., Krajcarz, M. T., ... & Nadachowski, A. (2018).
Heredity, 1
Impact of climate and humans on the range dynamics of the woolly mammoth (Mammuthus primigenius) in Europe during MIS 2
Nadachowski, A., Lipecki, G., Baca, M., Żmihorski, M., & Wilczyński, J.
Quaternary Research, 90(3), 439-456
The history of Crimean red deer population and Cervus phylogeography in Eurasia
Doan, K., Mackiewicz, P., Sandoval-Castellanos, E., Stefaniak, K., Ridush, B., Dalén, L., . . . & Stankovic, A.
Zoological Journal of the Linnean Society, 183(1), 208-225.
Microsatellite Mutation Rate in Atlantic Sturgeon (Acipenser oxyrinchus).
Panagiotopoulou, H., Austin, J. D., Zalewska, K., Gonciarz, M., Czarnogórska, K., Gawor, J., Węgleński, P., Popović, D. (2017).
Journal of Heredity, 108(6), 686-692.
Impact of climatic changes in the Late Pleistocene on migrations and extinction of mammals in Europe: four case studies.
Baca, M., Nadachowski, A., Lipecki, G., Mackiewicz, P., Marciszak, A., Popović, D., Socha, P., Stefaniak, K. and Wojtal, P., (2017).
Geological Quarterly, 61(2), pp.291-304.
Inter – and intraspecific variation in the surface pattern of the dermal bones of two sturgeon species
Thieren, E., Ottoni, C., Popović, D., & Van Neer, W.
Journal of Applied Ichthyology, 32(4), 609-628
Synchronous genetic turnovers across Western Eurasia in Late Pleistocene collared lemmings.
Palkopoulou, E., Baca, M., Abramson, N. I., Sablin, M., Socha, P., Nadachowski, A., ... & Weglenski, P. (2016).
Global change biology, 22(5), 1710-1721.
Introgression of peled (Coregonus peled) into European whitefish (C. lavaretus) in Poland
Popović, D., Szczepkowski, M., Heese, T., & Weglenski, P. (2016)
Conservation genetics, 17(2), 503-508
Inter- and intraspecific variation in the surface pattern of the dermal bones of two sturgeon species.
Thieren, E., Ottoni, C., Popović, D., & Van Neer, W. (2016).
Journal of applied ichthyology, 32(4), 609-628.
Retreat and extinction of the Late Pleistocene cave bear (Ursus spelaeus sensu lato)
Baca, M., Popović, D., Stefaniak, K., Marciszak, A., Urbanowski, M., Nadachowski, A., & Mackiewicz, P. (2016)
The Science of Nature, 103(11-12), 92.
Genetic structure and diversity of breeding Montagu’s harrier (Circus pygarus) in Europe
Rutkowski, R., Krupiński, D., Kitowski, I., Popović, D., Gryczyńska, A., Molak, M., ... & Gierach, K. D. (2015)
European journal of wildlife research, 61(5), 691-701
KAEA (SUDPRO), a member of the ubiquitous KEOPS/EKC protein complex, regulates the arginine catabolic pathway and the expression of several other genes in Aspergillus nidulans
Dzikowska, A., Grzelak, A., Gawlik, J., Szewczyk, E., Mrozek, P., Borsuk, P., ... & Pękala, M. (2015)
Gene, 573(2), 310-320
Microsatellite multiplex assay for the analysis of Atlantic sturgeon populations.
Panagiotopoulou, H., Popovic, D., Zalewska, K., Weglenski, P., & Stankovic, A. (2014).
Journal of applied genetics, 55(4), 505-510.
Ancient DNA and dating of cave bear remains from Niedźwiedzia Cave suggest early appearance of Ursus ingressus in Sudetes.
Baca, M., Mackiewicz, P., Stankovic, A., Popović, D., Stefaniak, K., Czarnogórska, K., ... & Weglenski, P. (2014).
Quaternary International, 339, 217-223.
Locals, resettlers, and pilgrims: A genetic portrait of three pre‐Columbian Andean populations.
Baca, M., Molak, M., Sobczyk, M., Węgleński, P., & Stankovic, A. (2014)
American journal of physical anthropology, 154(3), 402-412.
The history of sturgeon in the Baltic Sea.
Popović, D., Panagiotopoulou, H., Baca, M., Stefaniak, K., Mackiewicz, P., Makowiecki, D., ... & Stankovic, A. (2014).
Journal of biogeography, 41(8), 1590-1602.
A PCR‐RFLP based test for distinguishing European and Atlantic sturgeons.
Panagiotopoulou, H., Baca, M., Popovic, D., Weglenski, P., & Stankovic, A. (2014).
Journal of Applied Ichthyology, 30(1), 14-17.
A PCR-RFLP based test for distinguishing European and Atlantic Sturgeons
Panagiotopoulou, H., Baca, M., Popovic, D., Weglenski, P., & Stankovic, A. (2014).
Journal of Applied Ichthyology, 30(1), 14-17.
Restitution of vimba (Vimba vimba, Cyprinidae) in Poland: genetic variability of existing and restored populations.
Popovic, D., Panagiotopoulou, H., Kleszcz, M., Baca, M., Rutkowski, R., Heese, T., ... & Stankovic, A. (2013).
Ichthyological research, 60(2), 149-158.
Ancient DNA reveals kinship burial patterns of a pre-Columbian Andean community.
Baca, M., Doan, K., Sobczyk, M., Stankovic, A., & Węgleński, P. (2012).
BMC genetics, 13(1), 30.
Genetic analysis of cave bear specimens from Niedźwiedzia Cave, Sudetes, Poland.
Baca, M., Doan, K., Sobczyk, M., Stankovic, A., & Węgleński, P. (2012).
BMC genetics, 13(1), 30.
The GATA factors AREA and AREB together with the co-repressor NMRA, negatively regulate arginine catabolism in Aspergillus nidulans in response to nitrogen and carbon source.
Macios, M., Caddick, M. X., Weglenski, P., Scazzocchio, C., & Dzikowska, A. (2012).
Fungal genetics and biology, 49(3), 189-198.