Laboratorium Modelowania Biomolekularnego

Celem naszych badań jest zrozumienie mechanizmów fizycznych leżących u podstaw funkcjonowania układów biomolekularnych. Chcemy odpowiedzieć na pytanie w jaki sposób struktura makromolekuł determinuje ich właściwości dynamiczne i w jaki sposób dynamika przekłada się na zdolność do pełnienia określonej roli w żywej komórce. W naszej pracy posługujemy się symulacjami komputerowymi, metodami fizyki statystycznej, technikami bioinformatycznymi oraz narzędziami analizy danych.

W obecnej chwili skupiamy się na:
– badaniu roli zlokalizowanych cząsteczek wody w strukturach kinaz białkowych,
– badaniu oddziaływania peptydu fuzyjnego wirusa grypy z błoną lipidową,
– rozwijaniu metod opisu hydratacji makromolekuł.

Realizowane projekty
– Efekty hydratacyjne w kinazach białkowych (Sonata, NCN)
– Embo Installation Grant

dr Piotr Setny
e-mail: p.setny@cent.uw.edu.pl
telefon: +48 22 55 43660
pokój: 04.06
www: http://setnylab.cent.uw.edu.pl


Water-mediated conformational preselection mechanism in substrate binding cooperativity to protein kinase A
Setny, P., & Wiśniewska, M. D. (2018).
Proceedings of the National Academy of Sciences, 115(15), 3852-3857.
Charged N-terminus of Influenza Fusion Peptide Facilitates Membrane Fusion
Worch, R., Dudek, A., Krupa, J., Szymaniec, A., & Setny, P. (2018).
International journal of molecular sciences, 19(2), 578
Three conserved C-terminal residues of influenza fusion peptide alter its behavior at the membrane interface.
Worch, R., Krupa, J., Filipek, A., Szymaniec, A., & Setny, P. (2017).
Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-General Subjects, 1861(2), 97-105.
Explicit Solvent Hydration Benchmark for Proteins with Application to the PBSA Method.
Setny, P., & Dudek, A. (2017).
Journal of chemical theory and computation, 13(6), 2762-2776.
Principles for Tuning Hydrophobic Ligand–Receptor Binding Kinetics.
Weiß, R. G., Setny, P., & Dzubiella, J. (2017).
Journal of chemical theory and computation, 13(6), 3012-3019.
Computational study on donor–acceptor optical markers for Alzheimer’s disease: a game of charge transfer and electron delocalization
Peccati, F., Wiśniewska, M., Solans-Monfort, X., & Sodupe, M. (2016).
Physical Chemistry Chemical Physics, 18(17), 11634-11643.
Structural and energetic comparison of the complexes of aminoglycosides with the model of the ribosomal A-site
Kulik, M., & Trylska, J. (2016).
RAIRO-Operations Research, 50(2), 375-386.
Solvent Fluctuations Induce Non-Markovian Kinetics in Hydrophobic Pocket-Ligand Binding
Weiß, R. G., Setny, P., & Dzubiella, J. (2016).
The Journal of Physical Chemistry B, 120(33), 8127-8136.
Hydration in Discrete Water (II): From Neutral to Charged Solutes.
Setny, P. (2015).
The Journal of Physical Chemistry B, 119(19), 5970-5978.
Hydratation in Discrete Water (II): From neutral to charged solutes
Setny, P. (2015)
The Journal of Physical Chemistry B, 119(19), 5970-5978.
Elastic network models of nucleic acids flexibility.
Setny, P., & Zacharias, M. (2013).
Journal of chemical theory and computation, 9(12), 5460-5470.
Aktualnie brak nowych ofert pracy

to jest tekst dodatkowy