W Laboratorium Maszyn Biomolekularnych prowadzone są badania teoretyczne i doświadczalne, których głównym celem jest poszukiwanie efektywnych pochodnych antybiotyków. Projektujemy związki, które mają blokować działanie rybosomów bakterii poprzez oddziaływanie z rybosomowym RNA. Rybosomy są odpowiedzialne w komórce za syntezę białek, tak więc zablokowanie prawidłowego działania rybosomów bakterii prowadzi do śmierci komórki bakteryjnej.
Nasze badania mają charakter interdyscyplinarny; pracujemy w różnych skalach – od nm do mikrometrów. Używamy metod (bio)fizyki, chemii, bioinformatyki i biologii molekularnej łącząc techniki modelowania molekularnego z badaniami doświadczalnymi. Do określenia własności fizykochemicznych i dynamiki wewnętrznej badanych układów na poziomie atomowym wykorzystujemy symulacje dynamiki molekularnej. Równolegle, do wyznaczenia parametrów termodynamicznych oraz kinetyki reakcji, stosujemy metody spektroskopii absorpcyjnej, fluorescencyjnej i dichroizmu kołowego oraz techniki mikrokalorymetryczne. Wszystkie projektowane związki są sprawdzane pod względem ich działania na proces translacji in vitro oraz na wzrost natywnych szczepów bakterii in vivo.
telefon: +48 22 55 43683
pokój: 04.03
Strona laboratorium: http://bionano.cent.uw.edu.pl/People/JoannaTrylska
Areas of specialization:
- modeling macromolecular nanoassemblies such as the ribosome
- development of coarse-grained models for proteins and nucleic acids
- antibacterial antisense oligonucleotides
- thermodynamics and energetics of ribosome and its complexes with antibiotics
- enzymatic activity of proteases
- quantum-classical molecular dynamics methods to simulate proton transfer processes in enzymatic reactions
Employment:
- January 2012 – present Associate Professor, Centre of New Technologies, University of Warsaw, Banacha 2c, 02-097 Warsaw, Poland
- May 2009 – December 2011 Associate Professor, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, University of Warsaw, Pawińskiego 5A, 02-106 Warsaw, Poland
- Feb 2005 – May 2009 Assistant Professor, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling, University of Warsaw, Pawińskiego 5A, 02-106 Warsaw, Poland
- Jan 2003 – Jan 2005 Post-doctoral Researcher, University of California at San Diego, Department of Chemistry and Biochemistry and Center for Theoretical Biological Physics, 9500 Gilman Drive, La Jolla, CA 92093-0365, USA
- Dec 2001 – Dec 2002 Faculty Adjunct, Interdisciplinary Centre for Mathematical and Computational Modelling (ICM), University of Warsaw, Pawińskiego 5A, 02-106 Warsaw, Poland
- Sept 2000 – Nov 2001 Research Assistant, University of Warsaw, Poland
Education:
- Sept 2017 – Professor title awarded by the President of Poland
- May 2009 – habilitation colloquium, Faculty of Physics, University of Warsaw, thesis: “Internal dynamics, association and energetics of binding of ligands with the ribosome”
- Oct 2001 – PhD degree at Faculty of Physics, University of Warsaw, specialization: molecular biophysics, thesis „Computational Modelling of Protonation Equilibria and Reaction Mechanism of HIV-1 Protease”
- 1995 – 2000 PhD student, University of Warsaw, Faculty of Physics, Department of Biophysics
- 1989 – 1995 student, University of Warsaw, Faculty of Physics, specialization: molecular biophysics, MSc degree in physics, thesis entitled „Molecular modelling studies of physicochemical properties of human erythrocytic purine nucleoside phosphorylase”
Fellowships and Awards:
- 2017 – „Biophysicist in Profile” an article in Biophysical Society Newsletter
- 2016 – a silver medal from the Rector for the 200 anniversary of the University of Warsaw
- since 2011 – Associate Editor of BMC Biophysics
- 2015, 2012, 2010, 2009 – University of Warsaw Rector’s award for research achievements
- 2014 – nomination by the Foundation for Polish Science and Robert Bosh Foundation to AcademiaNet initiative
- 2008 – University of Warsaw Rector fellowship
- 2007 – 2012 – Foundation for Polish Science „Focus” fellowship
- 2003 – 2004 – NSF Center for Theoretical Biological Physics fellowship
- 1995 – 2000 – Faculty of Physics, PhD fellowship
- 1993 – 1995 – Faculty of Physics, student’s fellowship
Memberships:
- The International Society of Quantum Biology and Pharmacology
- Biophysical Society
- American Chemical Society
- Polish Bioinformatics Society
Teaching experience:
- lecture on „Modelling Macromoleculat Machines”, courses „Introduction to Physics”, „Molecular Quantum Mechanics”, „Biophysics”
- laboratories in physics, molecular modelling methods
prof. dr hab. Joanna Trylska
Postdoctoral Fellows:
dr Piotr Maj
dr Natalia Ostrowska
dr Monika Wojciechowska
PhD students:
mgr Piotr Chyży
mgr Julia Macyszyn
mgr Joanna Miszkiewicz
mgr Izabela Siekierska
mgr Uladzislava Tsylents
student:
mgr Małgorzata Lobka
Students:
Jan Stadnicki
Fabio Trovato, Joanna Trylska, Peter J. Bond, Peter G. Wolynes
Front. Mol. Biosciences, vol. 8, 797754
Monika Wojciechowska, Julia Macyszyn, Joanna Miszkiewicz, Renata Grzela, Joanna Trylska
Frontiers in Microbiology, vol. 12, 772038
Magdalena Chrabąszczewska, Maria Winiewska-Szajewska, Natalia Ostrowska, Elżbieta Bojarska, Janusz Stępiński, Łukasz Mancewicz, Maciej Łukaszewicz, Joanna Trylska, Michał Taube, Maciej Kozak, Edward Darżynkiewicz, Renata Grzela
Int. J. Mol. Sci. 22(20), 10929
Natalia Ostrowska, Michael Feig, JoannaTrylska
Biophys. J., 20:3795–3806
Monika Wojciechowska, Joanna Trylska
Methods in Molecular Biology, Springer, vol. 2355, p. 65-82
Tomasz Pieńko, Jakub Czarnecki, Marcin Równicki, Monika Wojciechowska, Aleksandra J Wierzba, Dorota Gryko, Dariusz Bartosik, Joanna Trylska
Biophys. J., vol. 120, p. 725–737
Piotr Chyży, Marta Kulik, Suyong Re, Yuji Sugita, Joanna Trylska
Front. Mol. Biosciences, vol. 8, 633130
Miedziak, B., Dobieżyńska, A., Darżynkiewicz, Z. M., Bartkowska, J., Miszkiewicz, J., Kowalska, J., ... & Darzynkiewicz, E.
RNA, 26(1), 58-68.
obieżyńska, A., Miszkiewicz, J., Darżynkiewicz, Z. M., Tyras, M., Stankiewicz-Drogoń, A., Trylska, J., ... & Grzela, R.
Biochemical and Biophysical Research Communications, 533(3), 391-396
Wojciechowska, M., Miszkiewicz, J., & Trylska, J.
International journal of molecular sciences, 21(24), 9672
Równicki, M., Lasek, R., Trylska, J., & Bartosik, D.
Toxins, 12(9), 568
Popielec, A., Ostrowska, N., Wojciechowska, M., Feig, M., & Trylska, J.
Biochimie, 176, 169-180
Pieńko, T., & Trylska, J.
PLOS Computational Biology, 16(7), e1008024
Wojciechowska, M., Równicki, M., Mieczkowski, A., Miszkiewicz, J., & Trylska, J.
Molecules, 25(3), 559
Rownicki, M., Dabrowska, Z., Wojciechowska, M., Wierzba, A. J., Maximova, K., Gryko, D., Trylska, J. (2019).
ACS Omega, 4(1), 819-824
Maximova, K., Wojtczak, J., & Trylska, J. (2019).
Analytical Biochemistry, 567, 96-105
Leonarski, F., Jasiński, M., & Trylska, J. (2019).
Biochimie, 156, 22-32
Smolkin, B., Khononov, A., Pieńko, T., Shavit, M., Belakhov, V., Trylska, J., & Baasov, T.
ChemBioChem, 20(2), 247-259
Giedyk, M., Jackowska, A., Równicki, M., Kolanowska, M., Trylska, J., & Gryko, D.
Chem Communications, 55(6), 763-766.
Pieńko, T., & Trylska, J.
Journal of Chemical Information and Modeling, 59(5), 1772-1781.
Jasiński M., Miszkiewicz J., Feig M., Trylska J.
J. Phys. Chem. B
Ostrowska N., Feig M., Trylska J.
Frontiers in Molecular Biosciences
Maximova K., Wojtczak J., Trylska J.
European Biophysics Journal
Maximova K., Reuter N., Trylska J.
Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Biomembranes
Maximova, K., Venken, T., Reuter, N. and Trylska, J., (2018).
Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes, 1860(2), pp.458-466.
Jasiński, M., Kulik, M., Wojciechowska, M., Stolarski, R., & Trylska, J. (2018).
PloS one, 13(1), e0191138
Kulczycka-Mierzejewska, K., Sadlej, J., & Trylska, J. (2018).
Journal of molecular modeling, 24(8), 191
Jasiński, M., Feig, M., & Trylska, J. (2018).
Journal of chemical theory and computation
Wojciechowska, M., Dudek, M., & Trylska, J. (2018).
Biopolymers, 109(4), e23116
Sabbavarapu, N. M., Pieńko, T., Zalman, B. H., Trylska, J., & Baasov, T. (2018).
MedChemComm, 9(3), 503-508.
Kulik, M., Takaharu, M., Sugita, Y., Trylska, J. (2018)
Nucleic Acids Research
Równicki, M., Pieńko, T., Czarnecki, J., Kolanowska, M., Bartosik, D., & Trylska, J.
Frontiers in Microbiology, 9
Castillo, J. I., Równicki, M., Wojciechowska, M., & Trylska, J.
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 28(18)
Wierzba, A. J., Maximova, K., Wincenciuk, A., Równicki, M., Wojciechowska, M., Nexø, E., . . . & Gryko, D.
Chemistry – A European Journal, 24(70)
Giedyk, M., Jackowska, A., Równicki, M., Kolanowska, M., Trylska, J., & Gryko, D.
Chemical Communications, 55(6), 763-766.
Thoduka, S. G., Zaleski, P. A., Dąbrowska, Z., Równicki, M., Stróżecka, J., Górska, A., ... & Trylska, J.
Biopolymers, 107(4)
Thoduka, S. G., Zaleski, P. A., Dąbrowska, Z., Równicki, M., Stróżecka, J., Górska, A., ... & Trylska, J. (2017).
Biopolymers, 107(4).
Równicki, M., Wojciechowska, M., Wierzba, A. J., Czarnecki, J., Bartosik, D., Gryko, D., & Trylska, J. (2017).
Scientific reports, 7(1), 7644.
Kulik, M., Markowska-Zagrajek, A., Wojciechowska, M., Grzela, R., Wituła, T., & Trylska, J. (2017).
Biochimie, 138, 32-42.
Dudek, M., & Trylska, J. (2017).
Journal of chemical theory and computation, 13(3), 1244-1253.
Pienko, T., Wierzba, A. J., Wojciechowska, M., Gryko, D., & Trylska, J. (2017).
The Journal of Physical Chemistry B, 121(14), 2968-2979.
Równicki, M., Wojciechowska, M., Wierzba, A. J., Czarnecki, J., Bartosik, D., Gryko, D., & Trylska, J. (2017).
Scientific reports, 7(1), 7644.
Wierzba, A., Wojciechowska, M., Trylska, J., & Gryko, D. (2016).
Bioconjugate chemistry, 27(1), 189-197
Trylska, J., & Kulik, M. (2016).
Biochemical Society Transactions, 44(4), 987-993.
Górska, A., Markowska-Zagrajek, A., Równicki, M., & Trylska, J. (2016).
The Journal of Physical Chemistry B, 120(33), 8369-8378.
Kulczycka-Mierzejewska, K., Trylska, J., & Sadlej, J. (2016).
Journal of Molecular Modeling,22:20
Kulik, M., & Trylska, J. (2016).
RAIRO-Operations Research, 50(2), 375-386.
Kulczycka-Mierzejewska, K., Trylska, J., & Sadlej, J. (2016).
Journal of molecular modeling, 22(1), 20.
Długosz, M., & Antosiewicz, J. M. (2016).
The Journal of Physical Chemistry B, 120(29), 7114-7127.
Górska, A., Jasiński, M., & Trylska, J. (2015)
Nucleic acids research, 43(17), e114-e114
Maximova, K., & Trylska, J. (2015)
Analytical biochemistry, 486, 24-34
Leonarski, F., & Trylska, J. (2015)
Biophysical journal, 108(8), 1843-1847
Panecka, J., Šponer, J., & Trylska, J. (2015)
Biochimie, 112, 96-110.
Kulik, M., Goral, A. M., Jasiński, M., Dominiak, P. M., & Trylska, J. (2015).
Biophysical journal, 108(3), 655-665.
Panecka, J., Mura, C., & Trylska, J. (2014).
PloS one, 9(11), e111811.
Markowska-Zagrajek, A., Rownicki, M., & Trylska, J. (2014)
POSTEPY MIKROBIOLOGII, 53(3), 255-263
Dudek, M., Romanowska, J., Wituła, T., & Trylska, J. (2014).
Biochimie, 102, 188-202.
Panecka, J., Havrila, M., Réblová, K., Šponer, J., & Trylska, J. (2014).
The Journal of Physical Chemistry B, 118(24), 6687-6701.
Leonarski Filip & Trylska Joanna
Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes (pp. 109-149). Springer, Berlin, Heidelberg.
Leonarski, F., Trovato, F., Tozzini, V., Les, A., & Trylska, J. (2013).
Journal of chemical theory and computation, 9(11), 4874-4889.
Trylska, J., Thoduka, S. G., & Dąbrowska, Z. (2013).
ACS Chemical Biology, 8(6), 1101-1109.
Romanowska, J., Reuter, N., & Trylska, J. (2013)
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 81(1), 63-80
Długosz, M., Antosiewicz, J. M., Zieliński, P., & Trylska, J. (2012)
The Journal of Physical Chemistry B, 116(18), 5437-5447.
Romanowska, J., Nowinski, K. S., & Trylska, J. (2012).
Journal of chemical theory and computation, 8(8), 2588-2599.
Panecka, J., & Trylska, J.( 2012, June).
AIP Conference Proceedings (Vol. 1456, No. 1, pp. 207-214).
Voltz, K., Trylska, J., Calimet, N., Smith, J. C., & Langowski, J. (2012)
Biophysical journal, 102(4), 849-858
Kulczycka-Mierzejewska, K., Trylska, J., & Sadlej, J. (2012)
Journal of molecular modeling, 18(6), 2727-2740
Długosz, M., Antosiewicz, J. M., Zieliński, P., & Trylska, J. (2012)
Journal of Physical Chemistry B, 116(18), 5437-5447
Tytuł | Termin nadsyłania aplikacji |
---|---|
Doktorant (CeNT-23-2024) | 31/10/2024 |
Stażysta podoktorski (adiunkt)(CeNT-56-2023) | 24/01/2024 |
Doktorant (CeNT-27-2023) | 31/05/2023 |
Stażysta podoktorski (adiunkt)( CeNT-59-2022) | 17/01/2023 |
Stażysta podoktorski (adiunkt)(CeNT-28-2022) | 30/09/2022 |
Stażysta podoktorski (starszy asystent) w Laboratorium Maszyn Biomolekularnych | 31/08/2021 |
Stażysta podoktorski (starszy asystent) w Laboratorium Maszyn Biomolekularnych | 15/05/2021 |
PhD Student in the Biomolecular Machines Laboratory | 29/04/2021 |
Postdoc (starszy asystent) w Laboratorium Maszyn Biomolekularnych | 20/02/2021 |
PhD Student in the Biomolecular Machines Laboratory | 13/06/2020 |
Investigator in the field of molecular modeling | 31/05/2019 |
Post-doctoral researcher in the field of (bio)chemistry | 10/12/2018 |