Interdyscyplinarne Laboratorium Biologii i Biofizyki Molekularnej

Podstawowym obszarem zainteresowań Laboratorium są struktury tzw. czapeczki (kapu), tj. końca 5’ mRNA i wielu snRNA. Zsyntetyzowane przez nas w przeszłości analogi kapu, m.in. naturalny trimetyloguanozyno kap, kap-4 oraz ich pochodne, w znacznym stopniu przyczyniły się do odkrycia biologicznej roli tych struktur.

Obecnie nasza działalność skupia się na interdyscyplinarnych badaniach nad molekularnymi mechanizmami oddziaływań struktur kapu z białkowymi czynnikami regulatorowymi, uczestniczącymi m.in. w procesie biosyntezy białka oraz w transporcie wewnątrzkomórkowym RNA. W ramach badań nad metabolizmem mRNA prowadzone są prace nad biosyntezą i degradacją struktur kapu przez capping- i decapping enzymes. Badania podstawowe staramy się wiązać z zastosowaniami praktycznymi, m.in. projektując i syntetyzując transkrypty mRNA stabilne w komórce i wysoce aktywne pod względem translacji, które są wykorzystywane do biotechnologicznej produkcji białek oraz w opracowywaniu szczepionek przeciwnowotworowych. W badaniach posługujemy się szerokim spektrum metod chemicznych, biologicznych i biofizycznych. Zespół nasz współpracuje z licznymi specjalistycznymi laboratoriami krajowymi i zagranicznymi.

 

Prof. dr hab. Edward Darżynkiewicz
e-mail: e.darzynkiewicz@cent.uw.edu.pl
pokój: 02.224


Wpływ warunków wewnątrzkomórkowych na interaktom ludzkiego białka dekapującego.

Kierownik projektu: dr Renata Grzela Okres: 05.2019 - 05.2020
Finansowanie: Miniatura 2, NCN
Opis:

Przyznane środki: 49 500 zł

Modified ARCA analogs providing enhanced translational properties of capped mRNAs
Kocmik, I., Piecyk, K., Rudzinska, M., Niedzwiecka, A., Darzynkiewicz, E., Grzela, R., & Jankowska-Anyszka, M. (2018).
Cell Cycle
Hydrolytic activity of human Nudt16 enzyme towards dinucleotide cap analogs and short capped oligonucleotides
Grzela, R., Nasilowska, K., Lukaszewicz, M., Tyras, M., Stepinski, J., Jankowska-Anyszka, M., ... & Darzynkiewicz, E.(2018).
RNA, rna-065698
Amino-Functionalized 5′ Cap Analogs as Tools for Site-Specific Sequence-Independent Labeling of mRNA.
Warminski, M., Sikorski, P. J., Warminska, Z., Lukaszewicz, M., Kropiwnicka, A., Zuberek, J., Darzynkiewicz, E., Kowalska, J. Darzynkiewicz, E., Kowalska, J. & Jemielity, J. (2017).
ioconjugate chemistry, 28(7), pp.1978-1992.
Quantum dots use both LUMO and surface trap electrons in photoreduction proces, Journal of Luminescence
Darżynkiewicz, Z. M., Pędziwiatr, M., & Grzyb, J. (2017).
Journal of Luminescence, 183, 401-409.
Quantum dots use both LUMO and surface trap electrons in photoreduction proces, Journal of Luminescence
Darżynkiewicz, Z. M., Pędziwiatr, M., & Grzyb, J. (2017).
Journal of Luminescence, 183, 401-409.
Molecular recognition of mRNA 5′ cap by 3′ poly(A)-specific ribonuclease (PARN) differs from interactions known for other cap-binding proteins
Niedzwiecka, A., Nilsson, P., Worch, R., Stepinski, J., Darzynkiewicz, E., & Virtanen, A. (2016)
Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Proteins and Proteomics, 1864(4), 331-345
Phosphate-modified analogues of m7GTP and m7Gppppm7G – synthesis and biochemical properties
Ziemniak, M., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Zuberek, J., Wnek, K., Darzynkiewicz, E., & Jemielity, J. (2015)
Bioorganic & medicinal chemistry, 23(17), 5369-5381
How to find the optimal partner-studies of snurportin 1 interactions with U snRNA 5’ TMG-cap analogues containing modified 2-amino group of 7-methylguanosine
Piecyk, K., Niedzwiecka, A., Ferenc-Mrozek, A., Lukaszewicz, M., Darzynkiewicz, E., & Jankowska-Anyszka, M. (2015)
Bioorganic & medicinal chemistry, 23(15), 4660-4668
Effect of different N7 substitution of dimucleotide cap analogs on the hydrolytic susceptibility towards scavenger decapping enzymes (DcpS)
Piecyk, K., Darzynkiewicz, Z. M., Jankowska-Anyszka, M., Ferenc-Mrozek, A., Stepinski, J., Darzynkiewicz, E., & Bojarska, E. (2015)
Biochemical and biophysical research communications, 464(1), 89-93
District Features of Cap Binding by eIF4E1b Proteins
Kubacka, D., Miguel, R. N., Minshall, N., Darzynkiewicz, E., Standart, N., & Zuberek, J.
Journal of molecular biology, 427(2), 387-405.
Five eIF4E isoforms from Arabidopsis thaliana are characterized by distinct features of cap analogs binding.
Kropiwnicka, A., Kuchta, K., Lukaszewicz, M., Kowalska, J., Jemielity, J., Ginalski, K., ... & Zuberek, J. (2015).
Biochemical and biophysical research communications, 456(1), 47-52.
Distinct Features of Cap Binding by eIF4E1b Proteins
Kubacka, D., Miguel, R. N., Minshall, N., Darzynkiewicz, E., Standart, N., & Zuberek, J. (2015)
Journal of molecular biology, 427(2), 387-405
mRNA and snRNA Cap Analogs: Synthesis and Applications.
Stepinski, J., & Darzynkiewicz, E. (2014).
Chemical Biology of Nucleic Acids (pp. 511-561). Springer, Berlin, Heidelberg.
eIF4F-like complexes formed by cap-binding homolog TbEIF4E5 with TbEIF4G1 or TbEIF4G2 are implicated in post-transcriptional regulation in Trypanosoma brucei.
Freire, E. R., Vashisht, A. A., Malvezzi, A. M., Zuberek, J., Langousis, G., Saada, E. A., ... & Neto, O. P. D. M. (2014).
RNA, 20(8), 1272-1286.
Triazole-containing monophosphate mRNA cap analogs as effective translation inhibitors.
Piecyk, K., Lukaszewicz, M., Darzynkiewicz, E., & Jankowska-Anyszka, M. (2014).
RNA, 20(10), 1539-1547.
Trypanosoma brucei translation initiation factor homolog EIF4E6 forms a tripartite cytosolic complex with EIF4G5 and a capping enzyme homolog.
Freire, E. R., Malvezzi, A. M., Vashisht, A. A., Zuberek, J., Saada, E. A., Langousis, G., ... & de Melo Neto, O. P. (2014).
Eukaryotic cell, 13(7), 896-908.
Structural analysis of human 2′-O-ribose methyltransferases involved in mRNA cap structure formation.
Smietanski, M., Werner, M., Purta, E., Kaminska, K. H., Stepinski, J., Darzynkiewicz, E., ... & Bujnicki, J. M. (2014).
Nature communications, 5, 3004.
Towards novel efficient and stable nuclear import signals: synthesis and properties of trimethylguanosine cap analogs modified within the 5′, 5′-triphosphate bridge.
Zytek, M., Kowalska, J., Lukaszewicz, M., Wojtczak, B. A., Zuberek, J., Ferenc-Mrozek, A., ... & Jemielity, J. (2014).
Organic & biomolecular chemistry, 12(45), 9184-9199.
Synthesis, properties, and biological activity of boranophosphate analogs of the mRNA cap: versatile tools for manipulation of therapeutically relevant cap-dependent processes.
Kowalska, J., Wypijewska del Nogal, A., Darzynkiewicz, Z. M., Buck, J., Nicola, C., Kuhn, A. N., ... & Maciejczyk, M. (2014).
Nucleic acids research, 42(16), 10245-10264.
Synthesis, properities and biological activity of boranophosphate analogs of the mRNA cap: versalite tools for manipulation of therapeutically relevant cap-dependent processes
Kowalska, J., Wypijewska del Nogal, A., Darzynkiewicz, Z. M., Buck, J., Nicola, C., Kuhn, A. N., ... & Maciejczyk, M. (2014)
Nucleic acids research, 42(16), 10245-10264
Synthesis and evaluation of stability of m 3 G-CAP analogues in serum-supplemented medium and cytosolic extract.
Honcharenko, M., Zytek, M., Bestas, B., Moreno, P., Jemielity, J., Darzynkiewicz, E., ... & Strömberg, R. (2013).
Bioorganic & medicinal chemistry, 21(24), 7921-7928.
Synthesis and evaluation of fluorescent cap analogues for mRNA labelling.
Ziemniak, M., Szabelski, M., Lukaszewicz, M., Nowicka, A., Darzynkiewicz, E., Rhoads, R. E., ... & Jemielity, J. (2013).
RSC advances, 3(43), 20943-20958.
Aktualnie brak nowych ofert pracy