CeNT
herb

Laboratorium Symulacji Systemów Chemicznych i Biologicznych

Celem grupy jest rozwijanie metod obliczeniowych i ich zastosowanie w symulowaniu układów chemicznych i biologicznych. Interesuje nas przewidywanie struktur, właściwości i funkcji białek, układów makromolekularnych i nanoukładów, katalizatorów reakcji chemicznych oraz zastosowanie metod teoretycznych do projektowania nowych materiałów/ligandów/związków chemicznych mających zastosowanie w farmacji, naukach materiałowych, nanotechnologii i katalizie.

W naszym głównym projekcie zajmujemy się przewidywaniem struktur białek membranowych z rodziny receptorów sprzężonych z białkami G (GPCR) oraz sodowych kanałów jonowych (Nav) oraz projektowaniem nowych antagonistów/agonistów dla tych białek.

Bartosz Trzaskowski, dr
email: b.trzaskowski@cent.uw.edu.pl
phone: 22 55 43671
room: 04.60


Group Leader:
Bartosz Trzaskowski, dr


Postdoctoral Fellow:
Silvio Osella, dr

student:
Alicja Kowalska

Towards an efficient design of biosensors: an investigation of the interplay between light harvesting proteins and graphene

Project Leader: Project period: 2016 - 2018
Project funding: POLONEZ, NCN
“A computational study of structures and catalytic activities of Hoveyda-Grubbs analogues bearing coumarin or isopropoxycoumarin moiety.”
Trzaskowski, B., and K. Ostrowska.
Catalysis Communications 91 (2017): 43-47.
“Faster initiating olefin metathesis catalysts from introducing double bonds into cyclopropyl, cyclobutyl and cyclopentyl derivatives of Hoveyda-Grubbs precatalysts.”
Trzaskowski, B., W. A. Goddard, and K. Grela.
Molecular Catalysis 433 (2017): 313-320.
“Conformational flexibility of Hoveyda-type and Grubbs-type complexes bearing acyclic carbenes and its impact on their catalytic properties.”
Pazio, Aleksandra, Krzysztof Woźniak, Karol Grela, and Bartosz Trzaskowski
Organometallics 34, no. 3 (2015): 563-570
“Ligand-and mutation-induced conformational selection in the CCR5 chemokine G protein-coupled receptor.”
Abrol, Ravinder, Bartosz Trzaskowski, William A. Goddard, Alexandre Nesterov, Ivan Olave, and Christopher Irons
Proceedings of the National Academy of Sciences 111, no. 36 (2014): 13040-13045
“SuperBiHelix method for predicting the pleiotropic ensemble of G-protein–coupled receptor conformations.”
Bray, Jenelle K., Ravinder Abrol, William A. Goddard, Bartosz Trzaskowski, and Caitlin E. Scott
Proceedings of the National Academy of Sciences 111, no. 1 (2014): E72-E78
“Exploring structures and properties of new geodesic polyarenes.”
Trzaskowski, Bartosz, Ludwik Adamowicz, Warren Beck, Krishna Muralidharan, and Pierre A. Deymier
Chemical Physics Letters 595 (2014): 6-12
“Selective NaNO 2 recognition by a simple heteroditopic salt receptor based on l-ornithine molecular scaffold.”
Romański, Jan, Bartosz Trzaskowski, and Piotr Piątek
Dalton Transactions 42, no. 43 (2013): 15271-15274
“Impact of Local Curvature and Structural Defects on Graphene–C60 Fullerene Fusion Reaction Barriers.”
Trzaskowski, Bartosz, Ludwik Adamowicz, Warren Beck, Krishna Muralidharan, and Pierre A. Deymier
The Journal of Physical Chemistry C 117, no. 38 (2013): 19664-19671
“Structural and Mechanistic Basis of the Fast Metathesis Initiation by a Six-Coordinated Ruthenium Catalyst.”
Trzaskowski, Bartosz, and Karol Grela
Organometallics 32, no. 13 (2013): 3625-3630