Tematyka rozwijana w laboratorium:
- rozwijanie modeli gruboziarnistych do analizy krajobrazu energetycznego białek i ich kompleksów
- rozwijanie metod analitycznych do analizy koewolucyjnej aminokwasów i ich zastosowanie do wyznaczania struktur białek
- rozwój i zastosowanie aparatu matematycznego teorii węzłów do wyznaczania topologii białek
Celem badawczym jest scharakteryzowanie sił odpowiedzialnych za pokonywanie topologicznej bariery podczas zwijania białek. Obejmuje to m.in. wyznaczenie biologicznej roli węzłów w białkach przy użyciu symulacji komputerowych, metod bioinformatycznych i doświadczalnych (FRET); topologiczną klasyfikację białek i kwasów nukleinowych (RNA); wyznaczenie krajobrazu energetycznego membranowych białek o złożonej topologii; przewidywanie struktury białek membranowych na podstawie koewolucji par aminokwasów metodą przybliżenia pola średniego.
Laboratorium zajmuje się analizą krajobrazu energetycznego białek i ich funkcji przy użyciu metod fizycznych, matematycznych i biologicznych. Jednym z wyników tej analizy będzie skonstruowanie niezwykle stabilnych struktur molekularnych.
W skład zespołu wchodzą:
- specjaliści w dziedzinie biofizyki, symulacji i analizy numerycznej, którzy zajmują się rozwijaniem technik numerycznych i ich zastosowaniem do analizy krajobrazu energetycznego białek i funkcji białek
- specjaliści w dziedzinie rozwiązań analitycznych, którzy koncentrują się na rozwijaniu metod matematycznych do wyznaczenia topologii i analizy sekwencji aminokwasów
Wsółorganizacja wydarzeń naukowych:
- 17-21.09.214, Significance of Knotted Structures for Function of Proteins and Nucleic Acids, Warszawa
- 17-20.06.2014, 4th Visegrad Symposium on Structural Systems Biology, Nove Hrady, Czechy
- 17-22.11.2013, Entanglement in biology; how nature controls the topology of proteins and DNA (13w5133), Banff, Kanada
Inne granty:
- DUNE, MNiSW, miejsce realizacji: Polskie Towarzystwo Biofizyczne
- Grant Biophysical Society, miejsce realizacji: Wydział Chemii UW
- Homing Plus, FNP, miejsce realizacji: Wydział Chemii UW
- Preludium, NCN, kierownik rojektu: mgr Paweł Dąbrowski-Tumański, miejsce realizacji: Wydział Chemii UW
Joanna Sułkowska, dr
Postdoctoral Fellows:
Rafał Jakubowski, dr
Wanda Niemyska, dr
Niewieczerzal Szymon, dr
Vasilina Zayats, dr
PhD students:
Paweł Dąbrowski-Tumański, mgr
Aleksandra Jarmolińska, mgr
Agata Perlińska, mgr
students:
Aleksandra Gierut, lic.
Jacek Kędzerski, lic.
Mateusz Skłodowski, lic.
Research Technician:
Agata Bernat, mgr
| Title | Project Leader | Project period | Project funding |
|---|---|---|---|
| Białka splątane – studium nowych struktur i rozwiązywanie ich zagadki
Zajawka |
Joanna Sułkowska | 2016 - 2019 | IDEAS PLUS, MNiSW |
| Wpływ zawęźlonej struktury na funkcje białek i przewidywanie struktur białek
Zajawka |
Joanna Sułkowska | 2013 - 2018 | SONATA BIS, NCN |
| 4rd Summer School in Molecular Biophysics and Systems Biology | Joanna Sułkowska | 2016 - 2016 | Visegrad Fund, Small Grant Program |
Dabrowski-Tumanski, Pawel, Aleksandra I. Jarmolinska, Wanda Niemyska, Eric J. Rawdon, Kenneth C. Millett, and Joanna I. Sulkowska.
Nucleic acids research 45, no. D1 (2017): D243-D249.
Dabrowski-Tumanski, Pawel, Wanda Niemyska, Pawel Pasznik, and Joanna I. Sulkowska.
Nucleic acids research 44, no. W1 (2016): W383-W389.
Jamroz, Michal, Wanda Niemyska, Eric J. Rawdon, Andrzej Stasiak, Kenneth C. Millett, Piotr Sułkowski, and Joanna I. Sulkowska
Nucleic acids research 43, no. D1 (2014): D306-D314
Sun, Li, Jeffrey K. Noel, Joanna I. Sulkowska, Herbert Levine, and José N. Onuchic
Biophysical journal 107, no. 12 (2014): 2950-2961
Jamroz, Michal, Wanda Niemyska, Eric J. Rawdon, Andrzej Stasiak, Kenneth C. Millett, Piotr Sułkowski, and Joanna I. Sulkowska
Nucleic acids research 43, no. D1 (2014): D306-D314
| There are currently no open positions |
