CeNT
herb

Laboratorium Chemii Bioorganicznej

W Laboratorium Chemii Bioorganicznej prowadzone są badania nad syntezą, właściwościami i zastosowaniami modyfikowanych nukleotydów (analogów końca 5’ mRNA – kapu, trifosforanów nukleozydów, nukleotydocukrów, fosfosiarczanów nukleozydów i innych).

Głównym celem naszych badań jest tworzenie narzędzi do poznawania i zgłębiania procesów biologicznych, w które nukleotydy są zaangażowane, jak również poszukiwanie nowych czynników terapeutycznych opartych na strukturze nukleotydów i kwasów nukleinowych. Opracowujemy nowe metody syntezy chemicznej i enzymatycznej nukleotydów i ich analogów. Prowadzimy badania nad syntezą i właściwościami nukleotydów modyfikowanych na różne sposoby w obrębie reszty fosforanowej. Projektujemy analogi nukleotydów, zwiększające stabilność mRNA oraz trwałe w warunkach komórkowych inhibitory biosyntezy białka. Syntetyzujemy nukleotydy znakowane fluorescencyjnie, nukleotydy zawierające znaczniki powinowactwa, nukleotydowe sondy NMR i EPR. Tworzymy i badamy koniugaty nukleotydów z nano(bio)materiałami.

Laboratorium funkcjonuje w dwóch lokalizacjach- zespół korzysta z gościnności Zakładu Biofizyki IFD, Wydziału Fizyki UW.

Jacek Jemielity, prof.
email: j.jemielity@cent.uw.edu.pl
phone: 43774
room: 06.44


“A novel route for preparing 5′ cap mimics and capped RNAs: phosphate-modified cap analogues obtained via click chemistry.”
Walczak, Sylwia, Anna Nowicka, Dorota Kubacka, Kaja Fac, Przemyslaw Wanat, Seweryn Mroczek, Joanna Kowalska, and Jacek Jemielity.
Chemical Science 8, no. 1 (2017): 260-267.
“Cap analogs modified with 1, 2-dithiodiphosphate moiety protect mRNA from decapping and enhance its translational potential.”
Strenkowska, Malwina, Renata Grzela, Maciej Majewski, Katarzyna Wnek, Joanna Kowalska, Maciej Lukaszewicz, Joanna Zuberek et al.
Nucleic acids research 44, no. 20 (2016): 9578-9590.
“A novel route for preparing 5′ cap mimics and capped RNAs: phosphate-modified cap analogues obtained via click chemistry.”
Walczak, Sylwia, Anna Nowicka, Dorota Kubacka, Kaja Fac, Przemyslaw Wanat, Seweryn Mroczek, Joanna Kowalska, and Jacek Jemielity.
Chemical Science 8, no. 1 (2017): 260-267.
“Structural basis of mRNA-cap recognition by Dcp1-Dcp2.”
Mugridge, Jeffrey S., Marcin Ziemniak, Jacek Jemielity, and John D. Gross
Nature structural & molecular biology (2016)
“Synthesis of fluorophosphate nucleotide analogues and their characterization as tools for 19F NMR studies.”
Baranowski, Marek R., Anna Nowicka, Anna M. Rydzik, Marcin Warminski, Renata Kasprzyk, Blazej A. Wojtczak, Jacek Wojcik, Timothy DW Claridge, Joanna Kowalska, and Jacek Jemielity
The Journal of organic chemistry 80, no. 8 (2015): 3982-3997
“Ethynyl, 2-propynyl, and 3-butynyl C-phosphonate analogues of nucleoside di-and triphosphates: synthesis and reactivity in CuAAC.”
Wanat, Przemyslaw, Sylwia Walczak, Blazej A. Wojtczak, Monika Nowakowska, Jacek Jemielity, and Joanna Kowalska
Organic letters 17, no. 12 (2015): 3062-3065
Gold-decorated polymer vessel structures as carriers of mRNA cap analogues
Kijewska, Krystyna, Paulina Głowala, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Katarzyna Kaczyńska, Katarzyna Janiszewska, Jarosław Stolarski et al
Polymer 57 (2015): 77-87
“Five eIF4E isoforms from Arabidopsis thaliana are characterized by distinct features of cap analogs binding.”
Kropiwnicka, Anna, Krzysztof Kuchta, Maciej Lukaszewicz, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Krzysztof Ginalski, Edward Darzynkiewicz, and Joanna Zuberek
Biochemical and biophysical research communications 456, no. 1 (2015): 47-52
“Virus-like particle-mediated intracellular delivery of mRNA cap analog with in vivo activity against hepatocellular carcinoma.”
Zochowska, Monika, Anne-Christine Piguet, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska, Ewa Szolajska, Jean-François Dufour, and Jadwiga Chroboczek
Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine 11, no. 1 (2015): 67-76
“Virus-like particle-mediated intracellular delivery of mRNA cap analog with in vivo activity against hepatocellular carcinoma.”
Zochowska, Monika, Anne-Christine Piguet, Jacek Jemielity, Joanna Kowalska, Ewa Szolajska, Jean-François Dufour, and Jadwiga Chroboczek
Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine 11, no. 1 (2015): 67-76
“Five eIF4E isoforms from Arabidopsis thaliana are characterized by distinct features of cap analogs binding.”
Kropiwnicka, Anna, Krzysztof Kuchta, Maciej Lukaszewicz, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Krzysztof Ginalski, Edward Darzynkiewicz, and Joanna Zuberek
Biochemical and biophysical research communications 456, no. 1 (2015): 47-52
“Towards novel efficient and stable nuclear import signals: synthesis and properties of trimethylguanosine cap analogs modified within the 5′, 5′-triphosphate bridge.”
Zytek, Malgorzata, Joanna Kowalska, Maciej Lukaszewicz, Blazej A. Wojtczak, Joanna Zuberek, Aleksandra Ferenc-Mrozek, Edward Darzynkiewicz, Anna Niedzwiecka, and Jacek Jemielity
Organic & biomolecular chemistry 12, no. 45 (2014): 9184-9199
“Cap analogs containing 6-thioguanosine–reagents for the synthesis of mRNAs selectively photo-crosslinkable with cap-binding biomolecules.”
Nowakowska, Monika, Joanna Kowalska, Franck Martin, Arnaud d'Orchymont, Joanna Zuberek, Maciej Lukaszewicz, Edward Darzynkiewicz, and Jacek Jemielity
Organic & biomolecular chemistry 12, no. 27 (2014): 4841-4847
“Analysis of decapping scavenger cap complex using modified cap analogs reveals molecular determinants for efficient cap binding.”
Wypijewska del Nogal, Anna, Marius D. Surleac, Joanna Kowalska, Maciej Lukaszewicz, Jacek Jemielity, Martin Bisaillon, Edward Darzynkiewicz, Adina L. Milac, and Elzbieta Bojarska
The FEBS journal 280, no. 24 (2013): 6508-6527
“Synthesis and evaluation of stability of m 3 G-CAP analogues in serum-supplemented medium and cytosolic extract.”
Honcharenko, Malgorzata, Malgorzata Zytek, Burcu Bestas, Pedro Moreno, Jacek Jemielity, Edward Darzynkiewicz, CI Edvard Smith, and Roger Strömberg
Bioorganic & medicinal chemistry 21, no. 24 (2013): 7921-7928
“Synthesis and evaluation of fluorescent cap analogues for mRNA labelling.”
Ziemniak, Marcin, Mariusz Szabelski, Maciej Lukaszewicz, Anna Nowicka, Edward Darzynkiewicz, Robert E. Rhoads, Zbigniew Wieczorek, and Jacek Jemielity
RSC advances 3, no. 43 (2013): 20943-20958
“Potential therapeutic applications of RNA cap analogs.”
Ziemniak, Marcin, Malwina Strenkowska, Joanna Kowalska, and Jacek Jemielity
Future medicinal chemistry 5, no. 10 (2013): 1141-1172
“Hint2, the mitochondrial nucleoside 5’-phosphoramidate hydrolase; properties of the homogeneous protein from sheep (Ovis aries) liver.”
Bretes, Ewa, Anna M. Wojdyła-Mamoń, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Renata Kaczmarek, Janina Baraniak, and Andrzej Guranowski
Acta Biochim. Pol 60, no. 2 (2013): 249-254
“The synthesis of isopropylidene mRNA cap analogs modified with phosphorothioate moiety and their evaluation as promoters of mRNA translation.”
Warminski, Marcin, Joanna Kowalska, Janina Buck, Joanna Zuberek, Maciej Lukaszewicz, Corina Nicola, Andreas N. Kuhn, Ugur Sahin, Edward Darzynkiewicz, and Jacek Jemielity
Bioorganic & medicinal chemistry letters 23, no. 13 (2013): 3753-3758
“Magnetic-nanoparticle-decorated polypyrrole microvessels: Toward encapsulation of mRNA cap analogues.”
Kijewska, Krystyna, Anita Jarzębińska, Joanna Kowalska, Jacek Jemielity, Daria Kępińska, Jacek Szczytko, Marcin Pisarek
Biomacromolecules 14, no. 6 (2013): 1867-1876
There are currently no open positions