Rozwój i zastosowanie nowych metod opartych na sekwencjonowaniu nowej generacji oraz genomice pojedynczej komórki do badania podwójnych pęknięć DNA

Kierownik projektu: dr hab. Krzysztof Ginalski , Prof. UW Okres: 2017 - 2019
Finansowanie: TEAM, FNP
Opis:

Podwójne pęknięcia DNA są jednymi z najgroźniejszych rodzajów uszkodzeń DNA. Stanowią one główne źródło translokacji chromosomów oraz utraty ich fragmentów, prowadząc do niestabilności genomu, zjawiska obserwowanego w większości nowotworów. Celem projektu jest rozwój i zastosowanie nowych, bardziej czułych metod do globalnego wykrywania podwójnych pęknięć DNA w genomie z dokładnością do jednego nukleotydu. Metody te posłużą do: (a) zbadania roli modyfikacji chromatyny i organizacji 3D genomu w odpowiedzi na podwójne pęknięcia DNA oraz wyborze ścieżki ich naprawy, (b) zbadania uszkodzeń DNA, jakie powstają w komórkach drożdżowych w obliczu zakłóceń replikacji, (c) kalibracji biosensora konstruowanego przez NASA, służącego do pomiaru wpływu promieniowania kosmicznego na organizmy żywe, (d) poznania mechanizmów odpowiadających za niezwykłą zdolność owada P. vanderplanki do przetrwania ekstremalnych warunków zewnętrznych. Realizacja projektu pozwoli na dogłębne zbadanie procesów zaangażowanych w powstawanie podwójnych pęknięć DNA oraz ich naprawę, w znaczący sposób poszerzając zrozumienie kluczowych mechanizmów stojących za zjawiskiem niestabilności genomu. Otrzymane rezultaty mogą mieć również szereg zastosowań praktycznych takich jak identyfikacja nowych celów dla terapii nowotworowych, czy opracowanie nowych narzędzi do diagnostyki nowotworów i medycyny spersonalizowanej.

Laboratorium Bioinformatyki i Biologii Systemów