Opis:
Splicing (składanie) pre-mRNA jest jednym z głównych procesów ekspresji genów u eukariontów, ale mechanizm działania spliceosomu – skomplikowanego enzymu złożonego z kilku RNA i kilkuset białek – jest ciągle jeszcze słabo poznany. Obecnie planowane badania skoncentrują się na roli U6 snRNA, który pełni zasadniczą rolę w tworzeniu centrum katalitycznego spliceosomu i koordynacji jonów metalu w jego miejscu aktywnym, ale nie wiemy, jak wygląda jego katalitycznie-aktywna konformacja, ani jakie oddziaływania w obrębie centrum katalitycznego ja stabilizują. Niedawno zidentyfikowaliśmy grupę sekwencji egzonowych bogatych w reszty C i podobnych do sekwencji U6, które wpływają na splicing, prawdopodobnie przez współzawodnictwo z U6 w oddziaływaniach w centrum katalitycznym.
Celem niniejszego projektu jest poznanie tych oddziaływań i zbadanie roli sekwencji egzonowych pre-mRNA w ich modulacji. W ramach tego projektu będziemy badać trzy zagadnienia:
1. Badania funkcji oddziaływań miedzy Cwc2 i U6 snRNA; zweryfikujemy hipotezę, że białko Cwc2 stabilizuje ‘zamkniętą’ konformację U6 przez kontakt z pętlą U6-ISL.
2. Identyfikacja mutantów w genomie drożdżowym przywracających funkcjonalność nieaktywnym egzonom podobnym do U6: przeprowadzimy selekcje genetyczne zarówno przez ogólną mutagenezę UV jak i przez ukierunkowana mutagenezę genów U6 i CWC2.
3. Badanie fizycznych oddziaływań egzonów podobnych do U6 w obrębie spliceosomu: stosując system układu bezkomórkowego, zbadamy i zidentyfikujemy składniki spliceosomu oddziałujące bezpośrednio z sekwencjami egzonowymi podobnymi do U6.
|
