Laboratorium Maszyn Biomolekularnych
kierownik zespołu:
dr hab. Joanna Trylska, prof. UW

Zespół

mgr Zofia Dąbrowska
lek. Marta Dudek
doktorantka, IBB PAN
mgr Maciej Jasiński
doktorant, MISDoMP
mgr Katarzyna Kulczycka-Mierzejewska
doktorantka, MISDoMP
mgr Marta Kulik
doktorantka, Wydz. Chemii
dr Filip Leonarski
mgr Agnieszka Markowska-Zagrajek
doktorantka, Wydz. Biologii
dr Ksenia Maximova
mgr Tomasz Pieńko
doktorant, WUM
mgr Marcin Równicki
doktorant, MISDoMP
dr Monika Wojciechowska

O laboratorium

W Laboratorium Maszyn Biomolekularnych prowadzone są badania teoretyczne i doświadczalne, których głównym celem jest poszukiwanie efektywnych pochodnych antybiotyków. Projektujemy związki, które mają blokować działanie rybosomów bakterii poprzez oddziaływanie z rybosomowym RNA. Rybosomy są odpowiedzialne w komórce za syntezę białek, tak więc zablokowanie prawidłowego działania rybosomów bakterii prowadzi do śmierci komórki bakteryjnej.

Nasze badania mają charakter interdyscyplinarny; pracujemy w różnych skalach – od nm do mikrometrów. Używamy metod (bio)fizyki, chemii, bioinformatyki i biologii molekularnej łącząc techniki modelowania molekularnego z badaniami doświadczalnymi. Do określenia własności fizykochemicznych i dynamiki wewnętrznej badanych układów na poziomie atomowym wykorzystujemy symulacje dynamiki molekularnej. Równolegle, do wyznaczenia parametrów termodynamicznych oraz kinetyki reakcji, stosujemy metody spektroskopii absorpcyjnej, fluorescencyjnej i dichroizmu kołowego oraz techniki mikrokalorymetryczne. Wszystkie projektowane związki są sprawdzane pod względem ich działania na proces translacji in vitro oraz na wzrost natywnych szczepów bakterii in vivo.

Współpraca krajowa:
  • Dr Paweł Grochowski, ICM Uniwersytet Warszawski
  • Dr Mikołaj Olejniczak, Uniwersytet Adama Mickiewicza w Poznaniu
  • Dr hab. Dorota Gryko, Instytut Chemii Organicznej PAN
Współpraca zagraniczna:
  • Prof. J. Andrew McCammon, University of California San Diego, San Diego, USA
  • Dr Valentina Tozzini, NEST-INFM Scoula Normale Superiore, Piza, Włochy
  • Dr Cameron Mura, University of Virginia, Charlottesville, USA
  • Dr Martin Zacharias, Technische Universität München, Monachium, Niemcy
  • Dr Jiri Sponer, Academy of Sciences of the Czech Republic, Praga, Czechy
  • Dr Nathalie Reuter, University of Bergen, Bergen, Norwegia

Aktualności

piątek, Kwiecień 29, 2016 - 10:09

Jaime Iván Castillo Silva, współpracownik Laboratorium Maszyn Biomolekularnych, zajął II miejsce w konkursie na najlepszy poster na V Miedzyuczelnianym Sympozjum...

poniedziałek, Marzec 21, 2016 - 11:31

Fundacja wyłoniła laureatów Polskiego Honorowego Stypendium Naukowego im. Aleksandra von Humboldta. Wśród wyróżnionych znalazł się prof. Michael Feig z Michigan State...

czwartek, Marzec 17, 2016 - 14:46

Wyłonione w drodze konkursu grupy naukowców, uzyskały możliwość dokonywania obliczeń na superkomputerze Okeanos, udostępnionym przez ICM UW.

Superkomputer...

czwartek, Styczeń 28, 2016 - 09:56

27 stycznia mgr Filip Leonarski z Laboratorium Maszyn Biomolekularnych obronił na Wydziale Chemii UW rozprawę doktorską.

Tytuł pracy:

Coarse-grained...

czwartek, Październik 1, 2015 - 12:48

Mgr Marta Kulik wzięła udział w konferencji Computational Advances in Drug Discovery, odbywającej się w Lozannie, na której uzyskała...

Realizowane Projekty

realizowany w ramach programu: PRELUDIUM, NCN
realizowany w ramach programu: CORE 2013 CALL - Polsko-Norweska Współpraca Badawcza, NCBiR