Laboratorium Genomiki Funkcjonalnej i Strukturalnej
kierownik zespołu:
dr hab. Dariusz Plewczyński, prof. UW

Zespół

mgr Grzegorz Bokota
dr Wayne Dawson
postdoc
mgr inż. Michał Kadlof
doktorant, Wydz. Fizyki
mgr Denis Kazakiewicz
doktorant, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku
mgr inż. Jan Kostrzewa
doktorant
Agnieszka Kraft
studentka, Wydz. Matematyki, Informatyki i Mechaniki
mgr Giovanni Mazzocco
dr Piotr Migdal
Zofia Parteka
studentka, Wydz. Matematyki, Informatyki i Mechaniki
mgr Benedykt Rak
doktorant, WUM
Michał Sadowski
mgr Przemysław Szałaj
doktorant, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku
dr Teresa Szczepińska
postdoc
mgr Marcin Tatjewski
mgr Przemysław Wróblewski
mgr Weronika Wronowska
doktorantka, Wydz. Biologii
mgr inż. Julian Zubek
dr Michał Łaźniewski

O laboratorium

W Laboratorium Genomiki Funkcjonalnej i Strukturalnej prowadzone są badania teoretyczne, których głównym celem jest analiza i przewidywanie struktury trójwymiarowej genomu ludzkiego, oraz jej związku ze zróżnicowaniem genomicznym populacji ludzkiej, zarówno naturalnym jak i patologicznym.
W szczególności badamy zależność obserwowanych w różnych populacjach oraz grupach pacjentów wariantów strukturalnych, zmiany ilości kopii genów od ich lokalizacji w strukturze jądra komórkowego. Badamy również zależność ekspresji wybranych genów od ich umiejscowienia w przestrzeni trójwymiarowej. Dodatkowo wykorzystujemy informację strukturalną do wzbogacenia analiz sekwencyjnych w celu lepszego określenia funkcji wybranych regionów genomicznych o istotnym znaczeniu dla medycyny spersonalizowanej.
W tym celu po pierwsze rozwijamy szereg wielko-skalowych narzędzi obliczeniowych służących do analizy sekwencji pełnych genomów, identyfikacji występujących w nich wariantów strukturalnych, określania istotności statystycznej obserwowanej ilości kopii regionów genomicznych w wybranych kohortach pacjentów. Po drugie w celu określenia ich unikalności porównujemy zaobserwowane zmiany z typowym i naturalnym zróżnicowaniem genomicznym, które zostało skatalogowane np. w konsorcjum 1000 Genomes Project. Po trzecie określamy funkcję biologiczną pełnioną przez te regiony genomiczne. Po czwarte identyfikujemy unikalne otoczenie genomiczne w przestrzeni trójwymiarowej dla tak wybranych miejsc, np. regulatorowych. W piątym kroku przewidujemy wpływ re-aranżacji struktury trójwymiarowej tak określonych lokalnych sąsiedztw w jądrze komórkowym, związaną np. z obecnością fabryk transkrypcyjnych, na ekspresję genów.
 
Współpraca krajowa:
  • Prof. dr hab. Grzegorz Wilczyński, Instytut Biologii Doświadczalnej PAN
  • Dr hab. Jakub Włodarczyk, Instytut Biologii Doświadczalnej PAN
  • Prof. dr hab. Marek Kuś, Centrum Fizyki Teoretycznej PAN
  • Prof. dr hab. Krystian Jażdżewski, CeNT Uniwersytet Warszawski
  • Prof. dr hab. Dominika Nowis, CeNT Uniwersytet Warszawski
  • Prof. dr hab. Jakub Gołąb, Warszawski Uniwersytet Medyczny
  • Prof. dr hab. Rafał Płoski, Warszawski Uniwersytet Medyczny
  • Prof. dr hab. Adam Krętowski, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku
  • Dr Jan Radomski, ICM Uniwersytet Warszawski
  • Dr Zuzanna Szymańska, ICM Uniwersytet Warszawski
  • Dr Maciej Cytowski, ICM Uniwersytet Warszawski
  • Dr Franciszek Rakowski, ICM Uniwersytet Warszawski
  • Prof. dr hab. Joanna Rączaszek-Leonardii, Uniwersytet Warszawski

 

Współpraca zagraniczna:
  • Prof. Charles Lee, The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, Farmington, CT, USA
  • Prof. Yijun Ruan, The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, Farmington, CT, USA
  • Prof. Subhadip Basu, Jadavpur University, Kolkata, Indie
  • Prof. Ujjwal Maulik, Jadavpur University, Kolkata, Indie
  • Prof. Sanghamitra Bandyopadhyay, Indian Statistical Institute, Kolkata, Indie
  • Prof. Bing Ren, University of California San Diego, San Diego, USA
  • Prof. Jonathan Sebat, University of California San Diego, San Diego, USA
  • Prof. Erez Lieberman Aiden, Baylor College of Medicine & Rice University, Houston, TX 77030, USA
  • Prof. Tomasz Burzykowski, Hasselt University, Belgia
  • Dr Jonathan Karr, Mount Sinai School of Medicine, NY, USA
  • Dr Karol Langer, University of Virginia, Charlottesville,VA, USA
  • Prof. Adam Godzik, Sanford-Burnham Medical Research Institute, San Diego, CA, USA
  • Prof. Benjamin Audit, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Francja
  • Dr Uwe Koch, Lead Discovery Center GmbH, Dortmund, Niemcy
  • Prof. Michael Stitzel, The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, Farmington, CT, USA
  • Prof. Duygu Ucar, The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, Farmington, CT, USA
  • Prof. Marcin von Grotthuss, The Broad Institute of MIT and Harvard Medical School, MA, USA
  • Prof. de Oliveira SF, Laboratório de Genética, Departamento de Genética e Morfologia, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade de Brasília, Brasília, DF, Brazil 

 

Aktualności

środa, Czerwiec 1, 2016 - 09:50

W czasopismie Cell ukazała się nowa publikacja, współautorstwa członków Laboratorium, zatytułowana CTCF-Mediated Human 3D Genome Architecture Reveals Chromatin Topology for...

czwartek, Marzec 17, 2016 - 14:46

Wyłonione w drodze konkursu grupy naukowców, uzyskały możliwość dokonywania obliczeń na superkomputerze Okeanos, udostępnionym przez ICM UW.

Superkomputer...

czwartek, Październik 8, 2015 - 11:11
A global reference for human genetic variation  and  An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes were recently published with the participation of...
czwartek, Październik 8, 2015 - 10:47

Mgr inż. Julian Zubek otrzymał stypendium doktorskie NCN w ramach konkursu ETIUDA. Wniosek złożony został z ramienia Instytutu Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk.